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所有DNA序列分析的新功能和增强功能:

Sanger:

  • 从Primer-BLAST发送引物对序列,在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目
  • 轻松使用项目窗口中的共有序列作为混合测序项目的NGS对比的参考序列
  • New Batch Revert Trim Ends命令
  • 能够在项目窗口中调整字体大小
  • NGS:

  • 更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程
  • 构建可重复用于与全基因组对比的GSNAP数据库和BWA索引
  • 使用FastQC 告查看和保存NGS原始数据文件的质量得分和元数据
  • 生成变体调用文件(VCF)以使用SAMtools标记NGS对齐中的变体
  • RNA-Seq:

  • 扩展袖和套装,加入Cuffquant和Cuffnorm
  • 增强的RNA-Seq可视化,具有自定义排序和过滤选项
  • 使用增强的外部数据浏览器轻松管理所有DNA-Seq和RNA-Seq项目
  • Sequencher 产品特性:

  • SNP 检测 (SNP Detection)
  • 序列装配 (Sequence Assembly)
  • 自动分析 (Automated Analysis)
  • 矢量微调 (Vector Trimming)
  • SNP 检测

    使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和 告 SNP 以及突变。

    例如,调用第二峰..功能分析你的所有序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。

    在装配总揽中表示出所有杂合子的位置

    你可以从一个杂合子跳到下一个,而仅仅需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察一致及其参考序列的转换。

    一致及其参考序列的区别会列在一个可导出的表格内。参考序列确保从一个装配到下一个装配时,SNP 的数目保持一致。

    序列装配

    Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。

    你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配最可能的 Contig。

    将 Sequencher 的多功能装配工具应用到:

    确定矢量构造

    装配病毒和细菌基因组

    从 DNA 库中聚类数以万计的序列

    将基因变体和一个参考序列做对比

    创建一个引物地图

    将 DNA 装配成基因组序列

    以及其他许多项目…

    Sequencher能够给你足够的信心认为一个序列是决定正确的。你可以只观察一个序列的色谱图,你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。在你的已对齐数据中滚动式很容易的。你可以使用Sequencher的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。

    Sequencher 能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确的。你可以只观察一个序列的色谱图,你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很容易的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。

    自动分析

    Sequencher 可对你的数据进行批处理,这个过程是透明、用户可定义、可恢复的,并且 Sequencher 从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。

    当你工作在多个序列时,Sequencher 可以:

  • 调用第二峰
  • 调整矢量
  • 调整低质量的尾端
  • 创建一致序列
  • 恢复到实验数据
  • 自从 4.5 以后,Sequencher 就包含了一个新的自动化工具,“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”,你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符,或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如,仅仅通过一个按钮的点击,你就可以将 90 个文件,45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编 命名的 Contig。装配参数的每个变化都会重组你的片段,因此你可以根据克隆编 、日期、引物,或者其他任何你记录在序列名称中的特征,来装配 Contig。

    如果你做了许多排序,你会感激“Assemble by Name”,尤其是在你有许多个带有一个标准引物集的样本序列时。事实上,任何在序列名中具有可用信息人的人,都有可能使用“Assemble by Name”。一些应用包括:

    用于身份鉴定和人口研究的 MHC 和线粒体基因排序。

    候选基因的 PCR 产品的分析。

    对保存的跨系统分类物种基因的排序。

    通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性,对病毒序列进行监控。

    即使在项目中只有一个 Contig,“Assemble by Name”仍然是有用的,因为它确保 Contig 的名称可以精确的表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本,那么正确命名你的 Contig 并不是什么难事,但但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时,允许 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。

    矢量调整

    自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾,或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话,这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。

    在执行一个调整之前,Sequencher 会显示一个计划调整的图形描述,这个功能甚至允许你重新定义你的条件。

    系统要求:

    Mac要求:

    Mac平台支持当前版本的Sequencher 5.4.6版本:10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14

    在Mac上Sequencher的硬盘空间要求至少为355MB

    在Mac上运行Sequencher的内存要求至少是8GB RAM。使用DNA-Seq工具处理NGS数据需要额外的6GN RAM。对于GSNAP,建议至少16GB。

    Windows要求:

    操作系统:Windows 10,Windows 8.1,Windows 8和Windows 7支持Sequencher 4.8和更高版本。Sequencher 5.4不再提供Windows XP支持。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista支持。Sequencher 5.4.6不再支持Windows 7.

    Windows上Sequencher的硬盘空间要求至少为280MB

    在Windows上运行Sequencher的内存要求至少是3GB RAM

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