单细胞测序数据挖掘第二弹——手把手教您使用10x单细胞硬核软件loupe（二）

叮铃铃~~~

loupe软件视频学习时间到！

上期内容您还记得吗？

有没有针对自己的数据进行演练呢？

上期内容提要：

① 认识loupe界面

② 从loupe导出差异表达基因列表和热图

③ 根据1个或多个marker基因定义细胞亚群

新的内容又来啦！

一、定义细胞亚群

今天小编接着上期的内容继续给大家介绍

另外两种定义细胞亚群的方法：

软件教程1

我们可以通过向loupe软件中导入查到的marker基因列表来定义细胞亚群：

软件教程2

在最新版的loupe软件中，filters功能的开发又为大家提供了另一种定义细胞亚群的方法：

OK，目前小编了解到的三种定义细胞亚群的方法就为大家介绍完啦！您可以在这三种方法中自由选择，也可结合手上的资料将三种方法进行组合使用。后续如有更新，小编会第一时间跟大家分享~

二、查看AGGR结果

接下来，我们一起来学习一下如何查看多样本合并分析（AGGR）的结果。

软件教程3

做完AGGR后，我们可以将对照组和实验组整体进行比较，类似bulk RNA-seq，导出2组（或2个）样本的差异表达基因列表，寻找样本间差异进行后续分析。

本期内容就先到这里咯，下期小编将会继续为您带来AGGR的下一部分——查看同一亚群不同样本间的差异以及免疫组库结果的分析，我们不见不散哦~

如果老师想要更加深入地学习单细胞数据分析软件，如cell ranger、seurat等，欢迎来参加博奥晶典培训班。6.14上海将举办《单细胞测序应用技术培训班》；6.29北京将举办“第二届单细胞测序技术高端研讨会”。现场更有《单细胞测序数据分析常用软件培训》免费培训。名额有限，先到先得！