实用贴–MISIS软件热点图绘制

MISIS是查看和分析产生多种sRNA的基因组基因座和病毒的sRNA图谱工具。其将sRNA读数显示为直方图，且sRNA的大小类别可被可视化并分别或组合地进行比较。那具体如何使用MISIS进行绘图呢？往下看

第一步：下载安装

下载地址：http://www.fasteris.com/apps/

下载配置java环境：

点击安装：

下载并安装MISIS：

下载成功后解压，双击appMISIS.jar打开软件。

第二步：准备文件

绘制热点图需要准备的文件：

1.与参考基因组比对的bam文件（bowtie比对结果即可）

2.比对上基因组的fa文件

第三步：文件导入

1. Bam/sam file: 输入比对bam文件(必须提供)

2. Project folder: MISIS生成文件存放的文件夹

3. Fasta file: 输入比对上基因组的fa文件

4. minimal size：筛选比对上基因组最短片段大小

5. maximal size：筛选比对上基因组最长片段大小

6. 点击Run开始分析

运行后文件夹中会生成如下文件：

第四步：图形绘制

1、点击File->Load Project

2、导入生成的*.2btf文件进行热点图的绘制

我们也可自行修改展示y轴，如下图所示：

以上就是使用这个软件绘制热点图的基本操作流程！俗话说再多的操作文档，总是不如实际操作来得理解深刻。所以大家快快动起手来，在实际操作中理解学习，若在学习中有不懂或疑问的地方，您可给我们留言，我们会有专职客服为您服务！