群体遗传学—admixture软件快速群体分群

群体遗传学中测的很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看那几个物种聚在一起，一般使用的软件就是STRUCTURE，但是STREUTURE运行速度极慢，后面frappe软件提升了速度，但是也不是很快；admixture凭借其运算速度，成为了主流的分析软件。

admixture 软件一共分为5步：

# step 1

/USER/zhusitao/Software/vcftools-master/bin/vcftools –vcf total.final.snp.vcf –plink –out xj

# step 2

/USER/zhusitao/Software/plink/plink –noweb –file xj –geno 0.05 –maf 0.05 –hwe 0.0001 –make-bed –out QC

# step 3

for K in 1 2 3 4 5 6 7;do /USER/zhusitao/Software/admixture_linux-1.3.0/admixture –cv QC.bed $K|tee log${K}.out;done

# step 4 besk K

 grep -h CV log*.out

# step 5 画图

tbl = read.table(“/USER/zhusitao/Project/xj/reseq/result/11.admixture/QC.7.Q”);
pdf(“/USER/zhusitao/Project/xj/reseq/result/11.admixture/Q7.pdf”)
barplot(t(as.matrix(tbl)),col= rainbow(7),xlab=”Individual”, ylab=”Ancestry”,border = NA,space = 0);
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