蛋白质结构预测—蛋白质残基的基础知识（二）

• 一、PDB数据库
• 二、蛋白质的1级结构—序列
• 三、蛋白质的3级结构—空间结构
• • 3.1 蛋白质3级结构是什么li>
  • 3.2 蛋白质3级结构如何表示li>
  • 3.3 蛋白质3级结构信息如何解读li>
• 四、小结

接下来我会用一条PDBID为1F88的蛋白质为例子，来解释什么叫蛋白质接触矩阵。

一、PDB数据库

Protein Data Bank（以下简称,PDB，https://www1.rcsb.org/）是当今全世界最具公信力的蛋白质数据库之一，每一条蛋白质都有唯一标识，称为PDBID（类似每个人都有自己的身份证 ，唯一标识），比如PDBID为1F88的蛋白质在PDB中如下:

红框中表示MET（在一级序列中，简称M）氨基酸由编 1~9个原子构成，第三列为每一个原子的名称（共9个，分别为N原子、CA原子、C原子、O原子、CB原子、CG原子、SD原子、CE原子、N原子）
蓝框中的三列分别对应了三维坐标中的x，y，z。如CA原子的三维坐标为（44.718，-5.054，-26.911）

四、小结

本节介绍了一些蛋白质三维结构的基本概念，弄清楚三维结构的概念后，接下来要介绍接触的概念。
Ending~

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