origin做主成分分析图_Graphpad Prism也可以做主成分分析（PCA）？

参数设置

打开软件后，通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角，新建工程文件，在弹出的向导页面表格类型选Multiple variables(只能选这一项)，Data table选enter or import data into a new table，然后点Create按钮，如下图。

接着点Analysis选项下的PCA分析按钮，如下，进行变量数据选择，表格中的前两列为样本编 和分组信息，这里主要对后4列数据进行降维。

在Output选项，可以设置分析结果中生成那些数据，比如可以查看不同变量的贡献度和与主成分的相关性等。比较重要的是设置PCA散点图的点标签和分组信息。我这里的样本数有150个，如果设置点标签会“糊”成一团，所以只设置了分组数据，即将点的颜色和分组分析(表格中的第2列)建立关系。

分析结果的简 如下，我们可以看到PC1和PC2的方差贡献率达到95.81%。如果对具体的PC scores、特征值、特征向量等感兴趣可查看表格的其他sheet。

如果不喜欢宽图表，可以双击坐标轴设置图表的比例，在Frame and Origin选项卡下将Shape由默认的Wide改为Square(方形)，如下图。

点击Change选项下Color按钮可设置配色，这里选择Prism自带的半透明Plasma配色，如下。

当然，也可以查看下加上Loading值的散点图，不过无法展示样本的分组信息。

最终的主成分散点图如下：

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