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PART ONE – in script

1. 命令太长可以用 & 换行显示；

2. 注意output files命名，避免重名，尤其是多个算例在一个目录或文件夹（directory/，folder）下运行的时候；

……（待续）

PART TWO – Manual_commands

simulation box

用周期性边界条件（Periodic Boundary Condition）的时候，可能有边界处对不齐、拼不紧凑的问题（对应的error我忘了sorry），这时候需要稍微调整下第一个region命令，试着放大或者缩小一点点，等边界对齐，那个error就会消失。

region

units lattice v.s. units box

1. LAMMPS默认是units lattice；

2. units lattice的意思是用lattice本身为标尺创建region，一般用整数值，region的大小会随着lattice的改变而改变。units box是以绝对长度为标尺创建region，可以用小数，region的大小只跟设置region用的数值有关，不会随着lattice的改变而改变；

3. 如果你希望某个region的几何尺寸固定，就用units box，如果你是用某个region来create_atoms，希望得到固定数量的atoms，就用units lattice。

group

no more than 32 groups can be defined at any time.

1. group list是和atom list直接相关的，影响计算流程和计算量，总数有限制；

2. 养成先把regions拼接好，再用group的好习惯；

3. 尽量不要用太复杂的几何结构。

PART THREE – LAMMPS version, platform, serial v.s. parallel

LAMMPS version

不同版本的LAMMPS有的命令会不一样，写in script的时候可以标注下用的是那个版本。

Platform(PC, workbench, high performance computer)

1. 比较小的算例用PC就可以了，并行（parallel）串行（serial）影响不大。纠结20分钟还是40分钟能跑完的话，还是整个workbench或者找个hpc比较好；

2. 用workbench或者hpc基本就是并行，先装并行分配的软件（比如mpich2），再装LAMMPS。有的windows系统死活不给管理员权限，装不上，很烦。最好还是在linux平台上跑；

3. hpc排队也挺烦的。

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