DOI: 10.1128/JCM.02127-19
使用纳米孔全基因组测序识别高丰度的病毒基因组区域
从2017和2019年住院的成年患者（年龄区间为26-91岁）采集的样本中，研究团队使用了来自13名A(H1N1)患者、5名A(H3N2)患者的共18份鼻咽样本以及一份唾液样本。在提取RNA进行样本准备，添加条码标签（barcode）和测序接头（纳米孔SQK-LSK109试剂盒）进行混样文库制备后，使用便携式MinION测序仪测序运行6-12小时，之后使用Guppy软件的快速模式进行碱基识别。
纳米孔测序序列结果显示，在病毒的内部基因中，NS基因在所有患者样本中呈现高丰度；在编码聚合酶的基因中，大部分序列位于5’UTR和3‘UTR，其中多数样本中以PB2基因序列数目最高。因此，团队将NS基因和PB2基因选作RT-PCR的目标。
研究团队将设计的PB2和NS基因引物和探针与GISAID和NCBI GenBank数据库中的病毒序列进行比对后，显示与季节性甲型H1N1和甲型H3N2流感病毒，以及从人类分离出的甲型流感病毒亚型H5、H6、H7、H9和H10匹配良好，且与非流感病毒无同源性。
在季节性甲型流感病毒（H1N1和H3N2）以及两个常见可感染人类的禽流感病毒（H5N1和H7N9）中，PB2和NS基因RT-PCR显示出比标准推荐的M基因更低或相似的检测限。并在鼻咽和唾液样本中获得了对甲型H1N1、甲型H3N2和甲型H7N9流感病毒检测的100%敏感性和特异性。
我们的目标：
使任何人，在任何地点，
能对任何生物进行分析。
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