FORGE2:GWAS 的细胞类型特异性分析

给大家安利一款软件,全称 。简单来说,就是通过对 GWAS 信 位点和基因组功能调控元件进行富集,找到 GWAS 特异的细胞类型。

该工具提供了 页版和命令行版。

一、 页版

页版 ( 址:https://forge2.altiusinstitute.org/) 的比较简单,只需要输入RS 即可。

  • 以 DHS 的分析为例,会返回以下三张图表:

SNPs analyzed across samples for erc2?DHS

Interactive table

准备好输入文件后,输入如下命令:

-f 表示输入的文件名;

-label 表示图标题名;

-data 表示分析的数据类型;ENCODE (‘encode’), unconsolidated Roadmap Epigenomics data (‘erc’), consolidated Roadmap Epigenomics DNase-seq data (‘erc2-DHS’), BLUEPRINT data (‘blueprint’), Roadmap Epigenomics histone mark data for ‘erc2-H3K4me1’, ‘erc2-H3K9me3’, ‘erc2-H3K4me3’, ‘erc2-H3K36me3’, or ‘erc2-H3K27me3’. FORGE2 also supports analysis across all histone marks (‘erc2-H3-all’), and all chromatin states (‘erc2-chromatin15state-all’)

注意事项: file 文件必须在 bin 路径下运行

6、可能出现的 错

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url

解决方法: 在终端下 ,随后删除-defaults一行


致谢橙子牛奶糖(陈文燕),请用参考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴, 我与你们一起成长~

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