STRUCTURE分析三款软件比较

三篇高引用文章

2005-STRUCTURE【1】 把选k值写的很清楚 2020/5/16 引用13119

• 这篇文章发表的时候二代测序还没兴起，ssr等的标记数量有限，计算机的性能也有限，是一个即有windows版又有linux版的软件

• 因为其开发时的应用场景，这个软件在几千以内的标记时运行还是可以接受的，但是现在动辄几百万标记的全基因组重测序的动植物数据来说，时间消耗是非常巨大的

• 这篇文章的正文详细讨论了最优k值的选择的问题，感觉这个还是很有用的

• 最优k值的筛选原理及展示
  

• 软件链接：
  https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/html/structure.html

2009-admixture【2】 2020/5/16 引用2977

• 并且有讨论是否需要进行根据连锁情况进行标记的过滤以及如何使用R进行结果图形的绘制
  https://vcru.wisc.edu/simonlab/bioinformatics/programs/admixture/admixture-manual.pdf

2014-fastSTRUCTURE【3】 2020/5/16 引用550

• 这个是一个python的，有明确的筛选最优k值的脚本，和这三个软件的比较
• 

文章引用

【1】Evanno, G., S. Regnaut, and J. Goudet, Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Mol Ecol, 2005. 14(8): p. 2611-20.
【2】Alexander, D.H., J. Novembre, and K. Lange, Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Res, 2009. 19(9): p. 1655-64.
【3】Raj, A., M. Stephens, and J.K. Pritchard, fastSTRUCTURE: variational inference of population structure in large SNP data sets. Genetics, 2014. 197(2): p. 573-89.

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