TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库

哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用。TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件，并且根据已有的分析结果整理成了数据库， 址如下

http://www.targetscan.org/vert_72/

根据不同的代表物种，分成以下几个子数据库

1. TargetScanHuman

2. TargetScanMouse

3. TargetScanFly

4. TargetScanWorm

5. TargetScanFish

在预测miRNA靶基因之前，首先需要确定转录本的3’UTR区域，该数据库通过一种名为的测序技术，确定转录本对应的3’UTR区，该技术原理示意如下

进一步根据结合区域的特定和miRNA的多序列比对结果，划分成不同的miRNA family, 通过以下链接可以查询targetscan整理的miRNA family信息

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_72/mirna_families.cgi=vert_72&species=Human

在该数据库中, 还包含其他物种的miRNA靶基因信息，比如, 那么在和中查询到的小鼠miRNA靶基因信息是否一致呢p>

当然是不一致的，官方的说法是两个数据库中确定3’UTR区域的方式不同，对于中的而言，直接用的3’UTR区域，对于而言，通过同源序列比对的方式确定其3’UTR区域，用的3’UTR序列和的转录本比对，比对上的区域则为mouse的3’UTR区。

对于搜索功能，有以下3种用法

1. 检索基因

支持gene symbol和Emsembl id两种格式，检索结果示意如下

首先用一张图来总体描述该转录本上的miRNA结合位点，具体的结合区域信息以表格形式展示，如下所示

除了在线检索，官 也提供了下载功能，同时提供了数据和软件，链接如下

http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/data_download.vert72.cgi

通过TargetScan, 可以方便的检索哺乳动物中的miRNA靶基因信息。

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