Anaconda的安装、配置与使用conda安装软件

利用conda快速安装软件

安装软件与使用软件是计算生物学需要掌握的技能，大部分的软件都是命令行软件。早先的时候安装软件特别麻烦，现在出了很多自动安装软件的框架，例如conda。起初这个框架只是为了方便安装Python 版本与Packages，但是后来无论是C/C++或者R 之类的运行环境也都能安装了。它有一些已经打包好的安装了各种软件的发行版，例如Anaconda。

1.安装conda

可以去anaconda官 下载最新版本，或者去镜像源站下载anaconda的历史稳定版本，也可以安装更小型的miniconda。
由于最新版本总是容易出现版本不匹配的问题，最好选择去镜像源下载稳定版本。

2.创建新的环境和python版本

由于运行不同的软件或代码时，需要的环境往往不同，因此，我们需要创建不同的环境方便管理各个库和包的版本。

第一步，在窗口中输入下面这一行代码，创建一个名为python38的虚拟环境，该环境用到的python版本为3.8。（当然，随着不同软件的需要，你可以创建很多不同环境名称和不同python版本的环境。）

输入y进行安装python3.8，当出现下图，表示python38环境创建完成。

3.利用conda或pip安装软件

在使用conda安装前，需要注意，由于外 速的限制，我们需要提前添加一些国内镜像源，不然conda下载软件的速度会非常慢。如果需要还原为原始通道，输入。（这里不需要）

在命令行复制输入以下代码回车，为conda添加上国内镜像源。

使用看看是否已经改好了。

安装bwa

bwa是一款DNA-seq比对工具。大部分搞全基因组或者全外的似乎都使用BWA作比对。

输入安装bwa，运行 查看是否完成安装。

安装tophat / tophat2

选择版本更新的tophat2进行安装，tophat2是一款RNA-seq比对工具。
发现tophat官 上，都是python2.7的版本，基本停止更新了。

然后新建并进入到tophat文件夹。

4.心得

这次安装生信软件，发现搭建环境还是蛮困难的，尤其是软件都没有提供windows版本的情况下，即使conda添加了镜像源，也没法安装。还是需要在linux或者macos的操作系统上，安装更加友好，甚至一气之下都想买个macbook耍耍了。最后想到电脑里有wsl2的linux，解决了这个问题。

此外，CSDN提供的博客大多重复且过时，希望 区能改进。最后还是需要通过自己看文件的本质是什么，来进行debug。跑通即胜利！

文章知识点与官方知识档案匹配，可进一步学习相关知识Python入门技能树首页概览214602 人正在系统学习中