医学图像处理：Ubuntu16.04安装freesurfer教程

我的ubuntu系统是16.04，其他版本亦可作为参考。

1.下载所需软件包

在官 上下载安装包，链接：点击打开链接。下载需要12个小时左右。

收到的邮件如下

2.安装包复制与解压

将下载的软件包复制到/usr/local下，要保证有足够大的空间。在ubuntu系统下打开命令窗口，输入

这里安装包名字不仅要是全称，还要将位置信息打上去（如果你进的是该安装包目录下就不用了）。

解压：输入

sudo tar -zxvf /usr/local/freesurfer安装包文件名

3.安装

 安装tcsh (if not)，在终端输入：

sudo apt-get install tcsh   

完成后输入tcsh，不 错的话就没问题了。

4.环境配置

在命令栏中为桌面路径下输入

在所打开文件的最后一行 输入： 
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer 
在命令栏中为桌面路径下输入

在所打开的文件中输入 

保存。

分别输入：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all –help没有 错的话 ，就说明基本安装成功。

——– freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c ——–
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/mni
zj@zj-H110M-S2:~$

补充：上面忘记提了，每次使用时在终端都要输入（配置环境变量）

tcsh

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh