摘要-Amira用户指南

第3章
教程：可视化和处理二维和三维图像
Amira为导入，可视化和处理2D和3D图像提供了广泛的支持。有关相关功能的概述，请参阅第1.2节。本章中的教程介绍了以下主题：
?读取图像 – 如何读取图像
?可视化3D图像 – 切片，等值面，体绘制
?多平面查看器介绍 – 使用a可同时查看一个或两个数据集
多平面重建
?强度范围分区 – 3D图像数据的分割
?图像分割 – 3D图像数据的分割
?光学显微镜解卷积 – 用于提高微观质量的强大算法 –
透视图像
?使用多通道图像 – 可视化多通道图像数据
?追踪电子断层扫描中的丝状结构 – 如何提取管状中心线
来自电子断层图的结构

第4章
教程：高级图像处理，分割和分析
以下教程需要Amira XImagePAQ Extension许可证。
?开始使用高级图像处理和定量分析 – 使用Amira进行图像处理和分析的基础知识
?细胞分析教程 – 测量和量化多个物体，如细胞，囊泡或泪点
（生物医学成像）
?例子：
?测量催化剂 – 掩蔽和距离图
?分离，测量和重建 – 流域分离
?泡沫中孔径的分布 – 自定义测量
?泡沫材料的平均厚度 – 分离厚度
?分水岭分割 – 高级分割
?关于图像过滤的更多信息 – 减少图像噪点或伪影或增强感兴趣的特征
?更多关于标签的措施 – 管理几组措施

第7章
动画和电影
本章中的教程介绍了以下主题：
?创建动画 – 使用动画导演创建动画
?使用Movie Maker模块创建电影文件

第8章
用户界面组件，一般概念，启动
本章包含Amira界面组件，数据类型，一般概念和启动选项的描述。不需要对Amira有深入的了解以了解以下各节，但最好查看第1.6章（Amira中的第一步）中包含的一个教程，特别是第2节中描述的第一个教程（入门）。

第9章
自动化，自定义，扩展

Amira XNeuro扩展用户指南
第10章
概观
Amira XNeuro Extension是专门面向神经科学领域用户的Amira扩展。该选项提供了一组模块，用于分析人类（或脊椎动物）大脑的图像。
Amira XNeuro扩展许可证支持以下模块：
?ComputePerfusion
?ComputeTensor
?ComputeTensorOutOfCore
?CreateGradientImage
?EigenvectorToColor
?ExtractEigenvalues
?FiberTracking
?TensorDisplay

第十一章
转换为Talairach坐标
人脑的Talairach或立体定位坐标系统用于描述大脑结构的位置，而不依赖于大小和整体形状的个体差异。 Convert to Talairach坐标教程解释了如何使用ConvertTalairach脚本对象来半自动地将大脑与Talairach坐标系对齐。该模块要求用户定义三个地标：
?前连合
?后连合
?中矢面的优越部分
然后这三个界标用于将数据对象转换为Talairach坐标系统，其中右半球具有正X值，前部具有正Y值，并且上部具有正Z值;前连合处于坐标系的原点。

第12章
大脑映射

第13章
扩散张量成像
弥散加权成像（DWI）和扩散张量成像（DTI）是相对较新的成像技术，旨在识别和可视化其他图像技术不可见的活体组织中的纤维束，肿瘤或中风区等结构。 Amira提供了一组模块和脚本，可以让用户进行彻底的DTI分析。以下部分通过使用临床数据的教程来解释这些模块的用法。数据集由教授慷慨提供。
A. Brawanski和德国雷根斯堡大学的C. Doenitz博士。我们希望对Amira XNeuro Extension的设计以及Amira在神经科学研究中的应用表示感谢。

第14章
脑灌注

Amira XP和Extension用户指南
第15章

Amira XPand Extension

第四部分
Amira XMolecular Extension用户指南
第16章
Amira X分子扩展引言
Amira XMolecular Extension是一个Amira扩展，为可视化以及分子和动态分子数据的分析提供支持。
Amira XMolecular Extension文档分为以下几部分：
?开始分子可视化
?分子数据结构的结构和相互依赖性
?展示分子的必需品
?Amira XMolecular Extension中的对齐工具
?可视化动态数据
Atom表达式

参考文献：Amira用户指南