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WrapIt_v1.0.1_For_3ds_Max_Incl_Keygen-IND
XYplorer.v9.40 
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Zards.Software.Cleanse.Uninstaller.Pro.v7.0.0-BEAN

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Bentley Staad.Pro v8i (20.07.04.12) 1CD
GeoCAP v4.2.67 1CD（地理信息系统的多功能建模和显示的工具库, 主要用于石油及天然气勘探行业）
Hydraulic UnderBalanced Simulator R3.2.1 (Hubs R3.2.1)
IDRISI Andes V15.0 (交互式GIS和影像处理)
INPHO.MATCH-T.V.4.0
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Lectra Diamino TechTex v5R2c1
Mentor.Graphics.EN.2004.Spac4 1CD
Planit Fusion v12 (装修设计)
SpectraLAB v4.32.17 1CD
Synopsys VCS-MX vA-2008.09 Linux 3CD
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 164
CADENCE.IC6141
Crtech Sinapsplus v4.8 1CD(SINDAFluint的前后处理软件)
Deneba.Canvas.Pro.v9.0.0.678.Scientific.Imaging.Edition(专业图形软件)
Elanix SystemView v2006 1CD(信 处理系统模拟与分析工具)
Lectra.DesignConcept.3D.v3R1c.MultilanguageUUU
Silvaco TCAD 2008.09 1CD windows
Simufact forming v8.1 SP1
SINDA-FLUINT.v4.7(通用流体计算(CFD)软件)
TwinCAT v2.10.0 1CD（自动化软件）

 165
10_5.txt
Ansoft ePhysics v3.1 WinALL-IS
AutoForm v4.3 R1-ISO
CADENCE.ORCAD.SUITE.WITH.PSPICE.V10.5 2CD
Mentor.Graphics.Calibre.v2010.2.38.23.Linux
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我的挣扎 与 TBtools 的开发,TBtools,,2021-8-4 15:32,

到底还是写了一篇推文，却着实想不到一个合适的题目。可能这是我写过最长的一篇推文，约莫万字。这篇推文的主要内容应该包括：

1. TBtools 开发为了什么p>

2. TBtools 是怎么开发出来的p>

3. TBtools 版本迭代历史p>

4. JIGplot

5. 我是如何接触生信的p>

6. 本硕博均是园艺果树专业，如何一步一步自学并入门生信。

7. 一份生信编程入门书籍清单 和 群与论坛推荐。

8. 一些不堪回首的往事。

9. 感谢陪伴我和帮助过我的人。

PS：推文在 TBtools 文稿 Online 前后，已经基本成型。原定在期刊官方公 推文后再行推出，但一周以来，身边和用户朋友一再催促。也罢，推文也是我硕博生活至今小结，就此推出，用互联 帮我记住这些经历。

写在前面

2020年06月22日，TBtools 终于还是发表在正式期刊（Molecular Plant）上。

我觉得我这些图表，其实还做得不错。这已经是2016年的事情了。

服务器的费用是两人各出一半，即每人3k左右。那会园艺学院硕士补助，多半是100~200。所以，或许很多人不知道 ，我出的这一半其实是我硕士三年的补助，或者说饭钱（估计浩哥也不知道 ）。以至于，后来有那么大半个月，我其实是靠着我女朋友的饭卡吃饭的（没有更好的方式）。

学习了 Perl 语言

解读公司的结题 告，是一件麻烦的事情。2014年那会，其实做科研服务的公司很多，但都不太成熟 。公司返回的结果，往往是一些大文件或者大表格。整理起来比较麻烦。于是，多少学习编程语言成为必须。那会没有太多纠结，在浩哥的推荐下，我学起了perl。如果我没有记错，有那么一段时间，可能是个把月，我就只呆在宿舍，常常门也不出，等着其他人给我带饭。我只是刷编程书（其实后来我还看了不少perl相关电子书，不过大骆驼我是买的纸质书），试试运行代码，反反复复。用perl写了不少脚本，做了不少有趣的事情。我甚至只用 perl CGI 架了一个小 站，提供序列批量获取和BLAST的功能（命名为xxxblast，对标 wwwblast；我没有用框架，因为确实也不够机智）。

当然，这还得益于另外一些 Linux 操作相关书籍的阅读。Linux的学习，似乎主要还是对文件系统的了解。其次才是一些shell下的 工具或命令。由于我先学了 perl，所以更多工作我会写 perl 单行来完成，而不会用 awk 或者 sed 等。说得自大一点，我认识的人里面，没有一个 perl 单行写得比我更好。一是我写得早，二是我写得久，三是我天天写。

学习 R 语言

Perl 学了，Linux 也基本掌握了，那么生信数据分析的文本处理，已经基本得到解决。可视化成为当务之急。事实上，那会我和小庭子有大体的分工，我搞Perl，他学R语言，后面合伙就可以更快地做点事情。当然，后来各自课题和生活上事情较多，我还是自己学了一下。提起R语言入门，我从来推荐《R语言初学者指南》。

开发了密码子偏好性分析流程 R2CUB

很少人知道我做过密码子偏好性分析。因为我的课题中并没有这一部分，而那会只是一时兴起。应是研二研三了，我估摸着花了个把星期的时间，开发了一个流程。这个流程在数据分析上是纯粹的 Perl 语言 Naive 实现，所以并没有任何其他依赖，只需要电脑上安装基础版本的 Perl 语言解释器即可。文档，手册等等，我也整理完善，甚至喊了其他朋友测试鲁棒性。

可以看到具体到科属还是分得比较好的，单纯只用RSCU做了一个聚类。其实这个流程还是不错的。我曾经在园艺学院生物技术所（现在似乎已经改成其他名字了）组会上，开始分享进展时，回车一键化流程，分享结束了，也就可以看结果（其实跑起来一个物种也就几分钟）。当然，最后我并没有从中看出有用的生物学意义 ，所以流程和文稿都打入冷宫，不再启用。鼓捣了这个流程，我便意识到一个问题，即常规流程，命令行运行，实在太麻烦。

学习界面化软件开发

这里涉及到一个点，为什么我一定要搞界面化软件。前述已经提及，硕士生活补助全部投到了服务器（换句话说，其实已经不够钱吃饭），所以在一段时间内，我做过一些现在看起来有点坑的业务，比如代写 Perl/R 脚本，五块或者十块钱一个，接了不少。而后来，接转录组测序数据分析业务，才发现其实搞分析原来没那么廉价。当然，做这些事情，是其他更为艰难的生存无奈所迫，具体便不做开展。回到主题，了解我的人，知道我做买卖有两个原则：

1. 只卖我觉得好的东西

2. 只卖给有需要的人

既然接了一些分析业务，常常就会遇到客户问题（当然，自己分析结果自己课题组使用起来，也一样）。其中最经典的就是Fasta序列提取。现在回想起来，我仍然想不明白，那会做生信擦边课题的人真的很多，而搞科研服务的公司也有不少，为什么就没有人做一个界面友好，功能实用的小软件。仅仅是从转录组组装结果中批量提取Fasta序列（如某几个差异表达基因的序列），就必须要求客户安装 Perl 解释器，然后用 perl 脚本…
于是，我还是决定下来写界面化工具。我没有记错的话，那会我买了一本Java 入门书籍和一本 C++ 入门经典教材。

总体上，感觉写Java代码的效率明显不如perl。于是，我又翻了两天C++。

界面非常简单，Jar包是22Kb。不小也不大。

开发一点相对有用的工具

掌握了基本的界面化软件开发，我想到的第一件事就是如何更好地分发已有的教程或者简便操作。在这段时间，我操作系统转向ubuntu（Linux的一个发行版，这似乎是我第一次尝试在工作中不使用windows）。用Java写了一个感觉比较有趣的东西，大体就是可以方便地将任何命令行转换成界面工具。比如，只要编写一个配置文件，那么就可以把 BLAST 命令转换成界面化工具

事实上，这个小工具可以认为是简单的插件化软件开发，或者是一个通用的界面化工具，比如我们只需要编写简单的配置文件，就可以把perl单行，一些命令行调用的工具，或者是 perl 和 R 画图脚本转换成界面工具。

图中一语成谶，后来，我硕士确实延期了一年，现在博士也延期了【微笑脸】^_。

后来，就没有后来了。EasyGUI 的这个工具无法很好地自动布局界面。另外实用性其实不太高，毕竟他只是一个纯粹的自动界面化接口。
在这之前，有传言 blast2go（一个强大且通用的GO注释软件）要开始收费，或者说不再提供免费版本。我大体看了下 blast2go 的文章以及他所使用的数据库，基本了解了主要逻辑后，自己写了一个 perl 版本的 idmapping，功能即将NR等蛋白序列库注释转换为GO注释。事实上，用起来还是不错。看着bioinformatics*群不时讨论到GO注释相关问题，一时兴起，我又写了一个 Java 界面化工具，并直接命名为 blast3go。

是的，打包的就是我自己写好的脚本…我尝试了几乎所有可用的 java 和 R 语言交互接口，最后发现效果都不如直接调用 Rscript。这段经历，事实上也让我彻底对打包 R 甚至使用 R 语言失去偏好。

认识大佬，初识生信

上述，我提及数次，bioinformatics*中国 这一 QQ 群。在那里，我认识了一群人，真正意识到生物信息其实不是我认知的样子。他们之中，有专门做算法开发的，软件设计的，流程部署的，科研应用的。这些人，改变了我对生信的认知，甚至是让我真正明白，什么是生信入门。由于我个人相对积极地参与群里的交流讨论，后来做了群管，并担任了一届群主（后来由于 TBtools 群管理需要，届满我就退群了）。期间，我们在群里举办了两三年每周 seminar，一次20期（可惜那会没有做充分的录屏）。四五年前的事情，我自认为那至少是国内最早开展的生信交流 络直播。后面过了一些时日，才看到各类公司或者 群搞起类似的事情。总的来说，我从其中学习了很多。可惜的是，这个 群那会早已满2000人，所以对入群感兴趣的，可能早就没有机会（因为，我自己也回不去了）。由于我们只想做精不想做大，所以清理人出群是我们的日常工作。这一习惯，现在沿袭到所有 TBtools使用交流群。

偶然合作，共同开发 EasyCodeML

如果让我一定要推荐质量高的生信交流QQ 群的话，那么有且只有两个:

1. bioinformatics*中国

2. 生物软件交流群

那时的我，觉得图层语法实在太流弊。Java也应该有一个。于是我自己着手写了 JJplot （参考R语言ggplot2的名字）。如果我没记错话，我为此还画了一些UML，毕竟实现还是没那么简单。说是图层语法，其实实现下来还是naive。不过足够我用于完成 EasyCodeML 的进化树分支可视化选取 以及 GO Level 2 注释可视化。

TBtools 开发伊始

所有的无奈，全部的认知，让我在 TBtools 的实现，有更细致的思考。参考前述，一开始 TBtools 的名字是 BioCJava。但两三次被认为是 biojava 的界面打包后（不能怪别人看不到 CJ 二字，但实在不爽）我临时决定修改程序名字为 TBtools，意指 Tools for Biologists。后来在大群释放后 ，被传布成了 Tao Bao tools，意思是 淘宝工具。嗯，多少可以蹭点淘宝热度，其实也不错。误打误撞，我也没有再修改他的名字。
这是一个相对早期版本的 BioCJava，时间是 2015年08月31日（项目开始的一个月后）

这已经是开发约莫一年后的样子。主要只是拓展了GO注释，富集分析，以及GO层级统计的功能。为什么一年时间才写这些功能我也有生物学实验和其他课题要开展，TBtools 的开发从始至终，可以说是一个上班摸鱼或业余消磨时间的方式 。当然，这一年的跨度，可能还是在 JJplot 的开发上。

TBtools 开发第二年

这一年，我硕士延期了。不过这个延期是我自己要求的。因为我刚刚解决了一些不得不解决的现实问题，可以开始更有尊严的活着。于是，我那会打算是争取出国（当然，最后没有出去有另外的原因，包括身体，家庭，去向以及offer来得太晚）。无论如何，这一年却也是 TBtools 成长飞快的一年。我暑期在家，想明白了一点事情，于是将 JJplot 全盘推倒，重新写了一个更具图层语法意义，支持全图缩放和交互的 JJplot2。于是才会有系列其它可视化内容，包括韦恩图以及共线性可视化等。

在两三年后，大体是这样（注意到，保持每天请出QQ群的习惯）；而现在，8群也满…

这一次，我不再执着于图层语法的实现，当然思想上我依然有所参考。相应实现的思考，在一个PPT（脚注未展示），我可能已经打开，思考，调整，关闭了不下百次（Emmm，我不小心都快被自己感动哭了）。所有的思考和努力，熔铸在 JIGplot。
从此，TBtools 的可视化相关功能得到绝对地拓展。

博士研究生阶段

时间飞逝，硕士一年的延期结束，我也开始了博士研究生生活。在这一期间，硕士课题组做了一部分菠萝基因家族分析的工作，同时博士课题组（我尚未毕业）也在做一些家族分析工作。我看着他们做一些结构域预测可视化，MEME motif可视化，甚至于基因结构可视化时，总是难受。因为效率真的太低，可能搞完了要两三天。既然有了JJplot2，我反手就是一个生物序列可视化功能，无论是结构域，MEME还是基因结构，直接继承一个类，于是变成三个独立可视化功能。Emmm，感觉这个功能一下子帮大家省了不少时间。
JJplot2 的实现，并不支持拼图。而 JIGplot 天生就是图层化。博士期间我进一步开发的 MetaGeneStructurePlot，支持一键化，一张图同时展示 ，进化树，MEME motif，基因结构，结构域，甚至其他。

目前已开放的GUI功能140+，而这个数字，事实上还在增长。

TBtools 投稿经历

前述已基本理清 TBtools 项目开发始末。可以说，TBtools 从一开始就是我个人课题或者分析需求导向开发；说得直白一点，那么是顺手写一写。未曾想过他会走到今天，更没想过将其撰写成文并发表。
第一次撰写成文，已经是2018年年初（开发了约三年），在较多用户的催促下，草草整理了一份 PDF 文档。文档相对粗糙，我花了两三天就做完，就放到 bioRxiv，因为其他课题也在开展。

1. 中山大学的任间教授以及我齐哥（Zinky），他们让我看到 Java 开发可视化工具的无限可能。或许没有他们，那么我在 Java 学习上，可能一直无法入门。

3. 华南农业大学夏瑞教授，TBtools 的完善得益于博士课题以及课题组其他成员的需求，建议和意见。TBtools 文稿构思，写作，投稿甚至于最终发表，我们一起耗费了大量时间和精力。前前后后 ，一个软件，鼓捣了两年文稿，全部推倒重写了三版。同时还要感谢张翼，Margaret 和 Hanna 在其中的时间和精力付出。