R语言——带有误差线和显著性标记的柱状图如何做？

背景介绍

昨天我们讲了如何进行单因素方差分析或者非参数检验，以及组间的两两比较。

今天我们来看一下，对于数据如何作图，并且加上误差条以及显著性标记。

软件介绍

R、RStudio

作图教程

数据符合正态分布

1.在数据符合正态的条件下，适合做均值加减标准差或标准误的柱状图，首先，我们计算各个组别的均值和标准差或标准误。在mean()和sd()函数中，我们对Time进行计算均值和标准差，使用na.rm=TRUE，是由于我们的数据中包含了空值。（%>%就是一种管道符，传递函数用的）

# 计算均值和标准差library(tidyverse)T2plot <- T2%>%  group_by(Group)%>%  summarise(    n=n(),    mean=mean(Time,na.rm=TRUE),    sd=sd(Time,na.rm = TRUE))T2plot

2.接下来我们进行数据绘图，然后我们基础的图就出来了

# 开始绘图ggplot(T2plot,aes(Group,mean,fill=Group))+  geom_col()

3.继续上面的，我们给柱子加上误差线，并设置宽度和粗细

# 开始绘图ggplot(T2plot,aes(Group,mean,fill=Group))+  geom_col()+  geom_errorbar(aes(Group,                    ymin=mean-sd,                    ymax=mean+sd,                    color=Group),width=.6,size=1)

4.在上述基础上，我们可以对x和y坐标进行名字的更改，以及对y轴范围进行更改

# 开始绘图ggplot(T2plot,aes(Group,mean,fill=Group))+  geom_col()+  geom_errorbar(aes(Group,                    ymin=mean-sd,                    ymax=mean+sd,                    color=Group),width=.6,size=1)+  xlab("Experimental group")+  ylab("Time")+  ylim(0,150)

5.接下来，我们对横纵坐标的字体大小进行更改：axis.title=element_text()是对x和y的标题名称进行更改；axis.text=element_text()是对x和y的轴的字体进行调整。同时，我们使用legend.position=”none”对标签去除

# 开始绘图ggplot(T2plot,aes(Group,mean,fill=Group))+  geom_col()+  geom_errorbar(aes(Group,                    ymin=mean-sd,                    ymax=mean+sd,                    color=Group),width=.6,size=1)+  xlab("Experimental group")+  ylab("Time")+  ylim(0,150)+  theme(legend.position ="none",        axis.title = element_text(size=15),        axis.text = element_text(size=15))

6.使用annotate()函数，对柱子增加标签，然后需要增加几个就复制几个，更改一下x和y的位置就行

# 开始绘图ggplot(T2plot,aes(Group,mean,fill=Group))+  geom_col()+  geom_errorbar(aes(Group,                    ymin=mean-sd,                    ymax=mean+sd,                    color=Group),width=.6,size=1)+  xlab("Experimental group")+  ylab("Time")+  ylim(0,150)+  theme(legend.position ="none",        axis.title = element_text(size=15),        axis.text = element_text(size=15))+  annotate("text",x=2,y=128,label="**",size=10)+  annotate("text",x=3,y=98,label="**",size=10)+  annotate("text",x=5,y=103,label="**",size=10)+  annotate("text",x=7,y=98,label="*",size=10)+  annotate("text",x=8,y=108,label="**",size=10)+  annotate("text",x=9,y=100,label="**",size=10)+  annotate("text",x=10,y=102,label="**",size=10)+  annotate("text",x=11,y=78,label="**",size=10)

7.如果你想给外围增加一个线框和填充图里面的颜色怎么办？使用panel.border=element_rect()以及panel.background=element_rect()

# 开始绘图ggplot(T2plot,aes(Group,mean,fill=Group))+  geom_col()+  geom_errorbar(aes(Group,                    ymin=mean-sd,                    ymax=mean+sd,                    color=Group),width=.6,size=1)+  xlab("Experimental group")+  ylab("Time")+  ylim(0,150)+  theme(legend.position ="none",        axis.title = element_text(size=15),        axis.text = element_text(size=15))+  annotate("text",x=2,y=128,label="**",size=10)+  annotate("text",x=3,y=98,label="**",size=10)+  annotate("text",x=5,y=103,label="**",size=10)+  annotate("text",x=7,y=98,label="*",size=10)+  annotate("text",x=8,y=108,label="**",size=10)+  annotate("text",x=9,y=100,label="**",size=10)+  annotate("text",x=10,y=102,label="**",size=10)+  annotate("text",x=11,y=78,label="**",size=10)+  theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color = "black",size = 2),        panel.background = element_rect(fill = "lightblue"))

8.最终图片如何导出呢，我们首先将图片拉到一个合适的大小，通过拉动边框，将图片适当展示

9.然后，使用ggsave()进行导出图片，直接在作图函数后面输入函数，命名图片以及图片格式，写入DPI是多少，即可导出到R的文件夹。

ggsave("不动时间图.png",dpi=600)

10.其他格式的图片，只需要更换图片格式尾缀即可，如“不动时间.pdf”，“不动时间.jpg”等。好了，今天的教程就这么多了，赶紧来学学吧！