分子动力学建模软件PolyMaker安装及使用

在材料科学中，多晶是金属材料最正常的存在形式，晶界的研究更是重中之重。分子动力学下，可以直接建立多晶的软件有两款：atomeye和PolyMaker，鉴于本人前期被atomeye折磨得半残，所以坚决不用atomeye，这里为大家带来PolyMaker安装及使用，废话不多说，我们进入正题：

1.PolyMaker官

PolyMaker是用C++语言写的多线程工具，用于为分子动力学制作输入文件。它能建立一个指定密度的单原子样品，并且考虑了周期性边界(PBC, periodic boundary conditions)。目前，可以执行一些简单的晶体类型，例如面心立方(FCC)、体心立方(BCC)和密排六方(HCP)。该软件被设计成可以执行任何简单晶体类型。支持多种输入文件格式，DL_POLY，LAMMPS和XYZ文件格式。它可以方便地产生固定晶界结构“有比例的(scaled)”的样品，不同原子数的晶粒。

以上为官 粗翻译。(毕竟，六级522，能看懂就行(????))

每个盒子20个晶粒的样例：

2.PolyMaker下载及安装

主页最左边，点击“Download”，可以看到许多说明，能用的只有一个，接下来我就不按照他的顺序来了，因为系统和系统差别很大，请务必完成以下操作，做好环境：

然后，下载软件并解压，并执行以下语句：

得到一团团解压文件：

接下来，执行以下语句：

具体过程如下：

编译出来的文件(重要文件poly！！！重要文件poly！！！重要文件poly！！！)：

3.PolyMaker命令及使用

教学手册命令内容：

PolyMaker指令示意：

该命令用于产生一个面心立方原子结构100*100*100A大小共100 000个原子的样品()，输出为LAMMPS格式。

执行过程：

得到的in文件用ovito软件进行可视化：

#后话

本次制作一共耗时2h，效率还是不错的，图文并茂，高质量内容。

我想到其他别的再慢慢补充。

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