软件工具│CGVIEW：微生物基因组分析软件

尔云间 一个专门做科研的团队

文献解读｜期刊推荐｜代码

铁死亡｜免疫浸润｜肿瘤微环境

简单介绍：

CGVIER是一款非常好用的微生物基因组分析软件，它的功能包括：

1. GC含量，GC skew- ，GC skew+ 计算；

2. ORF， 起始密码子，终止密码子等的检测。

软件 站地址：

http://wishart.biology.ualberta.ca/cgview/

使用过程：

以一组基因分析为例：

1. 文件准备以及格式：

1） 基因组文件：为细菌的基因组序列（fasta格式，或者gbk格式）

2） 标记基因文件：表头必须为以下8列（红色列必须给出，其他列的值可空或者用‘.’代替）

‘seqname’ 基因名字

‘feature’ 基因类别 (CDS, rRNA, tRNA, other) or 或者 COG 分类 (J for example).

‘start’ 和‘end’ 起始终止位置

‘strand’ 正负连

3） blast结果文件（demo）

这些列必须得有数据：query_id, %_identity, q_start, q_end,alignment_length, evalue，其他可空。

2. 生成XML文件：

perl cgview_xml_builder.pl -sequence demo.fa -output contigs.fa.xml -tick_density 0.7 -linear T -size large -gene_decoration arc -genes annotion1.pos connect_seq.pos -blast gene.blast -hit_labels T

3. 生成图片

java -jar -Xmx1500m cgview/cgview.jar -i contigs.fa.xml -o map.png -f png

总结：小基因组分析软件：展示全基因组的信息，自动计算GC含量和偏移，分析十分方便。