幸运的是,有很多简便易用的图形用户界面(GUI)的软件,来助我们N臂之力。这其中GraphPad Prism不得不说是非常温情的一种。
登录官 (
https://www.graphpad.com/scientific-software/prism/),可以看到,最新版本8,可以免费试用30天,当然你也可以去找一些破解版的。
下面简单的介绍下这个软件可以作的图:
1. Before-after 图形
简单的实验处理前后的统计图,比如当你养了大半个学期的小白鼠,喂了 2 个月的药,在记录体重的时候,你忍心只做个傻白甜的柱状图吗,那么来看一看高大上的 before-after 图是如何做的吧!
第一步:打开 Graphpad Prism,选中 before-after 如下图标:
第二步:输入 Data,也是其中最关键的一步,参考一下最关键的数据,然后依照提示依次进行操作。
选中 t 检验的统计方法。
点击 OK 后在,小窗口内设置一下。
点击 OK 后,然后在图标中选择 Graph,则可以出现目标的 Before-after 图。
2. 析因设计分析图形
在做实验的时候,通常会检测不同实验处理不同时间段的相关指标,如果你不知从何下手,那我就来举个栗子,实地探讨一下。
案例:用 6-ohda 处理 DA 能细胞 1 h,2 h,3 h 后用 cck8 检测细胞活性;用 vitc 处理 DA 能细胞 1 h,2 h,3 h 后用 CCK8 检测细胞活性。
第一步:打开 Graphpad Prism,选中如下图标。
第二步:输入三次结果的结果值,在这里也奉上小编的数据,这里数据输入的形式也是同学们要学习的哟。
选择 Two way-ANOVA 统计方法。
点击 OK 后在,小窗口内设置一下。
再次点击 OK 后,然后在图标中选择 Graph,则可以出现目的析因分析图。
3.绘制分组散点图与柱状图共存图
上图是Acta Neuropathologica(最新影响因子15.876)文献中(
doi.org/10.1007/s00401-018-1954-4)散点图与均值加减误差共存图
使用最新版Graphpad Prism 8.0绘制上述几种图形如下:
三种图形均为mean±SD,因此其均值与SD均相同,散点图在mean±SD的基础上加上了所有的数据点,散点图与柱状图共存图在散点图的基础上在均值处加了两根竖线使之闭合为一根柱子,如下图所示:
那么如何绘制上述三种不同类型的统计图呢?
输入数据后在Graphs下选择对应的图表类型即可:
如果不想显示数据点,仅显示均值与误差,双击散点图,进入Format Graph,将散点Symbols大小Size设置为0即可:
4.绘制XY轴双误差线图
1. 打开Graphpad Prism 8.0软件,在New table & graph下选择XY,Opitions,选择Number with error vlaues to plot horizontal error bars(X轴均值与误差线),Y:Enter Mean,SD,N,Create。
2. 输入已经计算Mean与SD数据:
在Graphs下可预览数据对应图形效果,点击OK:
3. 添加边框:双击X轴,进入Format Axes界面,选择Frame and Origin:
选择Frame and Grid Line,Frame如下图所示选择Plain Frame(普通边框):
效果如下:
4. 添加分组标记,点击文本工具
,依次添加lacZ,VEGF+Ab,VEGF+S,VEGF,得到了与文献中相同的XY轴双误差线图:
5. R语言ggplot2绘图背景风格为下图所示,浅灰色背景,无边框,坐标数值浅灰色:
双击X轴,进入Format Axes界面,选择Frame and Origin,选择Axes and Color,Color of axes(坐标轴颜色)设置为浅灰色,绘图区域Color of plotting area也为浅灰色:
同样在Format Axes界面选择Frame and Grid Line,Major grid选择为X and Y axes,颜色为白色,宽度为1pt,Minor grid选择X and Y axes,颜色也为白色,宽度为1/2pt:
得到效果如下:
鼠标选中横坐标、纵坐标数字:
在文本颜色处设置坐标数值颜色为浅灰色:
最好效果为类似ggplot2风格的图片:
以为这就完了吗?是否每次都需要这么繁琐的调整?
当然不是,我们可以把调整好的ggplot2风格保存为模板,可以方便自己(可以绘制设置完全一致的统计图表)也可以分享文件给其他人小伙伴。具体方法为,File,Save Special,Save example:
如何使用已经保存好的模板,新建文件时选择New table & graph下选择Clone a graph:
在Saved example下可以找到刚刚保存的模板,点击Clone:
Clone时选择删除原有XY数值:
输入新的数值即可方便快捷的得到与目标一样风格设置的图形:
5.绘制小提琴图
英语课上,老师进行了一次小测验,一班和二班的成绩如下所示,我们用小提琴图来分析一下两个班每个人的成绩分布。
先把数据粘贴到新版graphpad的柱状图页面中
点击图表类型
找到“Box and Violin” 并选择
就得到最原始的小提琴图了,我们在它的基础上稍加格式修改
双击图表,进入修改页面,可以对线条颜色,样本点等进行修改,这样就得到一张比较美观的小提琴图了
我们来解读一下小提琴图
8.0版本的可以试用,7.0版本的可以发关键词“作图”,我送你8.0版本的可以试用,7.0版本的可以发关键词“作图”,我送你8.0版本的可以试用,7.0版本的可以发关键词“作图”,我送你
声明:本站部分文章及图片源自用户投稿,如本站任何资料有侵权请您尽早请联系jinwei@zod.com.cn进行处理,非常感谢!