从百万化合物库中虚拟筛选发现新型PPARα激动剂

先睹为快

靶点

PPARα:过氧化物酶体增殖物激活受体α(PDB ID:3ET1和3SP6)

数据库

ChemDiv数据库(140万个小分子)

计算方法

分子对接

分子动力学模拟

计算软件

Glide,AMBER

计算流程

虚拟筛选

分子动力学模拟

图1.虚拟筛选方法发现新型PPARα激动剂的工作流程

图2.分子对接预测化合物A-4与PPARα的结合模式(A)与结合构象(B)

图3.分子动力学模拟中RMSD值(A)与Rg值(B)的变化

图4.蛋白质Cα原子的RMSF值计算

图5.PPARα-化合物A-4体系的紧密接触分析

图6.结合自由能分解

图7.PPARα-化合物A-4复合物体系的ASM分析

参考文献:

Dai L, Feng Z, Zha R, et al. Discovery of Novel Peroxisome Proliferator-Activated Receptor α (PPARα) Agonists by Virtual Screening and Biological Evaluation[J]. Journal of Chemical Information and Modeling, 2020.DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00838

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