先睹为快
靶点
PPARα:过氧化物酶体增殖物激活受体α(PDB ID:3ET1和3SP6)
数据库
ChemDiv数据库(140万个小分子)
计算方法
分子对接
分子动力学模拟
计算软件
Glide,AMBER
计算流程
虚拟筛选
分子动力学模拟
图1.虚拟筛选方法发现新型PPARα激动剂的工作流程
图2.分子对接预测化合物A-4与PPARα的结合模式(A)与结合构象(B)
图3.分子动力学模拟中RMSD值(A)与Rg值(B)的变化
图4.蛋白质Cα原子的RMSF值计算
图5.PPARα-化合物A-4体系的紧密接触分析
图6.结合自由能分解
图7.PPARα-化合物A-4复合物体系的ASM分析
参考文献:
Dai L, Feng Z, Zha R, et al. Discovery of Novel Peroxisome Proliferator-Activated Receptor α (PPARα) Agonists by Virtual Screening and Biological Evaluation[J]. Journal of Chemical Information and Modeling, 2020.DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00838
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