良心教程：手把手教会利用STAMP软件分析物种功能差异结果

尔云间 一个专门做科研的团队

STAMP软件是一款可以分析微生物物种与功能组成及差异的可视化软件，适用于多种类型的组间差异分析，比如物种分布及丰度差异、基因差异、功能差异等等。利用STAMP软件可对物种功能富集结果进行PCA展示，并分析两两组之间的显著差异功能等。今天为大家整理了该软件的下载、安装及使用方法。

下图为该软件官 主页：

https://beikolab.cs.dal.ca/software/STAMP

Step1：下载软件并安装

进入官 主页，点击Downloads-STAMP v2.1.3，进入下载界面下载后双击安装。

Step2：打开软件

准备2个输入文件，点击File–Load data：样本的功能富集结果及样本分组情况：

(1) KEGG.txt:

(2) Group.txt:

Step3：开始分析

导入文件：

第1个文件为功能富集结果，第2个文件为样本分组文件；

！！！注：如果在导入文件的时候遇到以下Error，请检查文件名或路径是否有中文，改为全英文后再进行文件导入。

Step4：结果

（1）PCA plot：PCA分析结果，点击不同的plot可切换不同可视化方法。

（2）Bar plot：绘制各样本的物种功能柱状图，快速查看各组数据分布的具体情况

（3）Heatmap plot：各样本的物种功能热图

（4）Extended error bar：分组差异图

设置过滤条件，则可知输出显著差异的功能分类：