手把手教你绘制火山图与韦恩图

现在的文章，图越来越多，也越来越唬人。

火山图（Volcanoplot）是经常出现在芯片、测序等组学结果中用来展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型，常与热图、韦恩图（Venndiagram）等同时出现。火山图包含2个重要概念：显著性与差异表达倍数。

显著性一般设置P<0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)≥1.2或2倍作为标准。下图P<0.05，FoldChange设置为1.2倍，P值取log10负对数，Fold Change取log2负对数的火山图：

-log10（0.05）约等于1.30103，-log2（1.2）约等于0.263。使用R语言可以绘制火山图，那么不会R语言的小伙伴该如何绘制出漂亮的火山图呢？今天给大家分享使用Origin绘制火山图与韦恩图的完美攻略。

软件准备

使用Origin软件为2018版：

点击下面Origin2018 学生免费版官方 站申请链接，并务必用学校提供的以edu.cn结尾的邮箱进行注册即可获得免费正版Origin软件：

http://www.originlab.com/OriginProLearning.aspx

火山图绘制步骤

1. Volcano plot APP下载与安装

进入Origin官
https://www.originlab.com/，点击APP：

找到Volcano plot APP，点击下载，下载链接：
https://www.originlab.com/fileExchange/details.aspx?fid=296

Volcano plot APP的安装，打开Origin2018软件，将下载好的APP点击软件最右侧的AddAPPs即可自动安装，安装好后在APPs下可见Volcanoplot APP：

2. 在Origin软件中Book1中输入数据，X1为基因名，X2为Fold Change取log2负对数值，Y轴为P值取log10负对数。

3. 选择所有数据，点击Volcanoplot APP，进入以下界面：

设置P-value阈值为0.05，Fold change为1.2，点击OK，得到火山图：

本次绘图数据来自Nat Commun.2017; 8: 14356补充材料，仅用来演示火山图的绘制，大家也可自行下载进行绘图练习。绘制出的火山图只有几个点变化倍数下调了因此不是太美观请大家谅解。

软件得到的原始火山图中，-log10（0.05）约等于1.30103，P值越小Y轴值越大，-log2（1.2）约等于0.263。图中红色的点显示上调，为符合P＜0.05，变化倍数上调1.2倍的差异基因，绿色点显示下调，但本次数据无符合条件的下调基因。

4. 美化火山图

双击右上角legend，Text Object中仅留下1,3即表示上调下调的图标，其余删除，点击OK。

得到效果如下：

去除图中多余的±0.26303数字：

鼠标左键选中后，右键Delete即可：

现在火山图效果如下：

将变化倍数在±1.2倍之间的棕色基因设置为灰色，双击数据点，更改符 颜色（Symbol Color）即可：

现在火山图效果如下：

-log10（0.05）约等于1.30103，依照文献中将P-value=0.05，直接双击改为P-value<0.05：

还可根据需要调整图中蓝色虚线宽度，方法为直接双击后设置。

最后在Volcano plot得到的绘制表格中可以获取有多少基因上调、下调：

本次没有基因表达符合下调阈值，上调基因（Up Regulated）有767个，可使用右侧文本工具火山图中标注：

韦恩图的绘制

韦恩图是用于显示元素集合重叠区域的图示。绘制过程也需要在APP store处下载APP，下载链接为：
https://www.originlab.com/fileExchange/details.aspx?fid=425，下载完成后使用与Volcano plot相同的方法安装Veen diagram APP。

Origin绘制韦恩图的方法很简单，打开Origin后输入数据：

上图数据A列包含1个元素，B列包含1个元素，共有的只有A和C。选中数据，点击Volcano plot APP，点击OK。

即可得到漂亮的韦恩图，调整颜色稍作美化即可：

总结

Origin绘制火山图与韦恩图都非常简单实用，希望对大家有所帮助，谢谢大家。

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