Scansite：蛋白质Motif预测分析工具

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蛋白质上的Motif往往对其功能具有重要作用，并且不同的Motif通常对应不同的功能。举例来说，哺乳动物中actin聚合相关的两个同源蛋白N-WASP和WAVW2，其不同的Motif对应了不同的功能：Pro-rich符合与其他蛋白的SH3 domain结合进行调控，V负责与G-actin的结合，而CRIB负责结合并受到Rho GTPase的调控等，如下图所示(Tadaomi and Shiro,NCB,2007)。因此，Motif的预测和验证对于研究一个蛋白的作用机理具有重要意义。

此处我想向大家介绍一个Motif功能的预测分析软件Scansite，该在线分析程序可以全面有效的预测分析蛋白的Motif功能，对蛋白功能的预测和机制的研究非常有价值。Scansite功能较多，我们主要介绍其Motif分析方面。

Scansite在线 址：http://scansite.mit.edu/

使用流程和介绍：

可以使用Accession Number或者全蛋白序列来指定所分析蛋白，也可以自定义序列分析。我们选择第一类点击进入。以EGFR为例，输入Accession NumberP00533。

我们使用的是SWISS-PROT的Accession number，所以在第二栏中做出相应选择。

第三栏我们选择全面分析，如果有特定的目的也可以自行选择。

第四栏可以选择严格度，我们选择高置信度的。

点击下方的Submit。

分析结果页面上方给出分析结果总览，可以看到各个预测的Motif的分布情况。界面下方则是各个预测的Motif的具体信息，包括位点，打分，所在序列等。

EGFR是EGF受体酪氨酸激酶，Scansite给出的预测包括其激酶活性Motif，14-3-3结合Motif，以及Erk、CDK的底物位点Motif等。

Score为打分值，分数越接近于0则表示可信度越高，可点击蓝色的Score值进入详细查看。我们点击进入第一个14-3-3Motif的Score值。

可以看到Scansite对该位点预测的计算结果。详细算法可参考Scansite的原始文献
http://nar.oxfordjournals.org/content/31/13/3635.short

通过使用Scansite，可以有效预测蛋白上的各种Motif，可以作为蛋白功能的预测依据以及为具体的机制研究提供思路方向，有重要的参考价值。