“与设备费、材料费、燃料动力费、差旅费等直接费用不同，间接费用往往存在核定范围难、界定方式难、标准划定难等问题，但它却又真实体现在科研单位的研发保障、科研人员绩效激励等方面，直接关系到科技攻关的成败。”四川省科技厅相关工作人员说，过去在科技项目执行中对间接费用开支范围不明确，造成科研人员“不敢用、不知道怎么用”。为此，《办法》首先明确了科研经费间接费用范围，即：项目单位为项目研究提供的现有仪器设备及房屋，日常水、电、气、暖消耗，有关管理费用的补助支出，以及激励科技人员的绩效支出等。
《办法》不仅明确何为间接费用，还为如何使用间接费用划定了“红圈”。其中提出，承担应用基础研究计划、软科学、研发类平台项目等均可开支间接费用，并明确间接费用中的“绩效支出”主要用于对科研人员的激励，不设比例限制。具体操作方式是根据支持经费的额度分段划档，即：按照不超过直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，具体比例为500万元以下为20%；500万元至1000万元为15%；1000万元以上为13%。
此外，《办法》还加大对智力密集型科研人员活动的激励，提出软科学、应用基础研究、软件开发等智力密集型项目的间接费用，可按项目专项资金总额进行核定，即500万元以下不超过40%，500万元至1000万元不超过35%，1000万元以上不超过30%。
“软件研发、集成电路设计等项目的研发攻关中，设备、材料等直接费用固然重要，但作为一种智力密集型科研，体现于人‘脑力’水平的间接价值同样不可忽视。”四川某高校科研人员举例说，如软件研发中使用的基础“硬件”可能就是数台高性能电脑，但科研人员却要完成软件功能设计、总体结构和模块设计、编码和调试、程序联调等诸多工作，科研人员的大脑思维和创新能力往往比硬件设备价值更高。
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