常用生物学软件的安装与应用（一）—SnapGene

导语

投必得学术旨在为大家分享最有用的科研知识与技能，以期在您的科研道路上助一臂之力。从本期开始，笔者将会为大家分享一些常用的生物学软件，请大家持续关注。

1 软件安装

（1）软件解压后会有3个文件，一个是snapgene_4.1.9_win_2，这就是SnapGene的安装程序；一个是PDF说明文档，详细介绍了软件用法，还有一个是crack文件夹；

（2）点击SnapGene的安装程序，自行选择安装路径；

（3）打开crack文件夹，点击

【ActivationCrack】，出现对话框后点击【Yes】，此时下方出现表示成功激活的绿色文字，同时crack文件夹中会生成SnapGene.BAK的新文件；

（4）将crack文件夹中的文件复制到上述安装SnapGene的文件夹中，替换文件夹中的文件。此时SnapGene即可正常使用。

2 SnapGene常用功能

2.1 质粒图谱

以pUC57质粒为例，怎样画出其质粒图谱呢？首先我们在NCBI上下载pUC57的FASTA序列。打开SnapGene，选择第一个功能New DNA File，将序列粘贴进去后，点击【OK】。（这里由于是环状质粒，所以选择了默认的Circular）软件自动识别除了9个通用的元件，包括氨苄抗性基因（AmpR）、lac操纵子、复制起点（ori）等，点击【Add 9 features】，进入SnapGene的主界面。

进入主界面后，可以看到上面一排是工具栏，下面是几个界面，对应的功能如下：

（1）序列标注

由于之前打开序列文件的时候，软件自动识别出了9个常见的元件，所以也同时自动生成了载体图谱。而当我们点击Sequece界面时，也可以看到相应的元件已经标注在序列上了。

（2）设计引物

（3）图谱导出

单击工具栏【File】—【Export】—【Map】，即可导出质粒图谱，支持多种格式，包括常见的图片格式TIFF、PNG等，也可以生成PDF文档。

3 序列对比

序列比对的软件有很多，SnapGene用于序列比对的优势在于其序列是双向的，比对时不用考虑序列方向问题。操作也比较简单，左侧工具条最下方的按钮就是序列比对，点击后导入需要比对的序列即可。比对结果中比对不上的地方用红色标注。

另外SnapGene也支持测序文件导入（.abi文件），例如我们先打开一个参考序列，再通过序列比对按钮将需要比对的测序文件都打开，就能获得多序列比对的结果，点击左侧序列则能直接查看峰图，非常方便。

结语

关于SnapGene的基本用法就先介绍到这里，其实SnapGene还有很多强大的功能，比如Tools工具中的模拟电泳，Actions工具中的模拟Gateway和infusion克隆等。在此不做进一步的介绍，如果有需要，欢迎大家在文后留言。