转录组入门（1）：软件准备

生信技能树的转录组学习开班了, 第一个任务是安装软件, 于是我花了一个下午时间和Linux斗智斗勇。

系统准备

windows10： Unbuntu on windows10

1. 了解fastqc结果中各个图的含义
2. 掌握如何从fastqc的结果中提取数据
3. 学习sed的用法，http://dongweiming.github.io/sed_and_awk/

samtools

SAM: 存放高通量测序比对结果的标准格式
功能： Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format
站: http://samtools.sourceforge.net/
安装：

顺便安装bcftools

因为用的是github，所以以后更新就用下面命令

吐槽： 编译的时候需要安装好多前置包，真麻烦！

HISAT2

功能： 将测序结果比对到参考基因组上
站： http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
安装：

吐槽： 居然没有make install !!!
拓展：

• HISAT2支持,也就是可以集成SRATOOLS的，但是需要安装额外包，可以看文章自己折腾。

HTSeq

功能： 根据比对结果统计基因count

教程：

1. http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/tour.html#tour

推荐：

1. 推荐安装一个ipython，学习ipython如何使用
2. 将软件包安装到当前用户目录下

R

Ubuntu 14.04的自带R版本跟不上时代的变化，然后自己编译的坑有太多，所以先用Linux处理数据，然后在Windows下分析数据。这样就很轻松了。一些需要编译的软件包，还可以用RTools。
R：https://cran.r-project.org/
Rstudio： https://www.rstudio.com/

二进制版本： R官方提供了Ubuntu最新版本更新方法,如下