xshell:安装软件的一些命令。

写这篇文章主要是因为自己下软件会遇到问题，有时候解决问题了后面就忘了，所以想记录一下一些下软件的方法

一、wget命令

• wget有很多参数，一般用的比较多的是我们需要把软件下在指定路径下面，这时可用-P指定：

当然，你也可以先cd进入你要下载到的路径，然后wget

• 当下载比较大的文件时，遇到 络状况不好的情况，会中断我们的下载，所以一般下载软件时，可加-c参数，如下：

这样，可以实现断点下载，就不用担心 络问题啦。

• 除此之外，wget可以批量下载文件：把所有需要下载文件的地址放到 filename.txt 中，然后 wget 就会自动为你下载所有文件了

wget后一般需要解压文档，解压命令如下：

• tar –xvf file.tar 解压 tar包
• tar -xzvf file.tar.gz 解压tar.gz
• tar -xjvf file.tar.bz2 解压 tar.bz2
• tar –xZvf file.tar.Z 解压tar.Z
• unrar e file.rar 解压rar
• unzip file.zip 解压zip

解压后需要给与执行权限

编译执行，以cmake为例

二、pip install 命令

但是有时候下载会很慢，所以我们可以在加上镜像，这样会极大提高我们的速度：

• 清华：https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

• 阿里云：https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

• 中国科技大学: https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/

• 华中理工大学：https://pypi.hustunique.com/

• 山东理工大学：https://pypi.sdutlinux.org/

• 豆瓣：https://pypi.douban.com/simple/

此外，当需要升级pip时，可用：

如果我们的xshell上安装了好几个版本的 Python，同时都有 pip，则使用方法如下：

三、conda install 命令

把生信软件装到特定位置，而且这个位置的python版本最好和系统的一样

这是别人总结的conda相关命令

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