生信文献 | KLF7:高级别浆液性卵巢癌新的候选生物标志物和治疗靶点

这是一篇biomarker的生信文章,,也有很多实验验证。

癌症类型:高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)

问题:发病机制不清楚，高异质性和化疗后复发耐药

解决问题:需要进一步研究参与肿瘤进展的分子机制，以寻找新的疾病管理靶点。

基因：Kruppel-like factors (KLFs)，是一类转录调节因子，控制着几个基本的细胞过程，包括增殖、分化和迁移。它们已被证明在各种与癌症相关的过程中发挥作用，以一种环境依赖的方式。

分析数据集：GEO(GSE26712、GSE49997、GSE9891)和TCGA-OV RNAseq数据。

结果：

首先是对GSE26712和TCGA-OV数据集的临床信息进行统计。数据的提取可参考文章【TCGA数据库：临床数据下载与整理 】和【GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析 】。

Cox回归分析证实KLF7可以作为一个预测因子。

除了检测增殖，还检测了其他表型，干扰KLF7后抑制HGSOC细胞的迁移和侵袭，就得到了figure3。

KLF7基因下调可抑制HGSOC细胞的球状形成

总之，这篇文章就是通过COX回归从KLF家族中筛选出KLF7，可能作为预后基因，然后简单的实验验证各种表型，说实话，表型有点多，让我感觉这个基因功能很多，没有去查文献，如果如此，该基因应该被研究的很多，如果没有，这篇文章中的一个表型，深入去做实验方面的文章，探究其后面的详细机制，都是能发文章。最后建立蛋白结构模型，分子对接技术筛选抑制剂，主要是为了体现后续作为治疗靶点的研究。