HaploBlocker是分析单条染色体haplotype blocks，这也很容易理解，haplotype block是同一条染色体的某些区域。因此，分析时，需要按染色体或者Scaffold切分VCF文件。
准备HaploBlocker的准备文件，以Chr1为例。这里主要需要两个输入文件：
1）chr1.vcf_forR
该文件为SNP矩阵，行代表SNP位点，列代表样本。换句话说，就是不包含头信息和前9列信息的VCF文件，然后转化成下面这种格式。（想必大家应该能明白）
在这里，我将杂合位点设置为H，将空值设置为X。如果不考虑空值和杂合位点，则将其设置为NA。
空值的原因有很多：①可能是未能检测到该样品的该位点信息，②也可能是由于该样本的该位点的缺失（Deletion），③或该样本不携带REF和ALT这两种Allele，而是另一种Allele（如果是利用芯片检测）。
2）chr1.vcf_bpmap
该文件为1列，记录了SNP在染色体上面的位置。该文件主要是用于后续按照SNP在染色体上的位置进行热图绘制。
上面文件隐藏的含义是下面这个文件内容：
仔细想想，这个文件的含义，这是我在后续处理blocks信息用到的。因为该软件输出的block区间给出的是Rank这一列的位置信息，而非SNP在染色体上物理位置。
万事俱备，只欠东风！
上回我介绍了关于HaploBlocker软件的一些参数，其中有些比较重要的和常用的参数可以回去仔细看一下，根据自己的分析需要进行设置，包括：window_size，merging_error，window_sequence，bp_map，at_least_one，block_mode_na，na_snp_weight，actual_snp_weight，consideration _nodes，consideration _edge，min_share，min_similarity，block_extend，snp_extend
群体遗传 | haplotype block | HaploBlocker参数介绍
好了，先初步展示一下计算的haplotype blocks的结果吧！
后续打算：
1）携带优异位点的blocks的进化起源追溯。
2）基于haplotype block的GWAS分析
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