生物信息软件安装（不定时更新）

(以本地电脑wsl子系统的unbantu为例)

软件安装

1. anaconda安装与配置

• 下载Anaconda 2.7 for Linux https://www.anaconda.com/download/
• 在下载目录下输入

• 点yes往下后，输入查看是否安装成功

结果为

• 更新环境配置

• 增加源（channels）

现在anconda下载好了
2.faToTwoBit安装 （将fasta格式改为 .2bit格式）

3.安装bedtools

4.安装MAFFT

5.安装BESST

6.安装minimap2

7.安装BBmap

8.安装seqkit

9.安装Gblocks

10.安装tree命令

可是中间出现了
这是由于系统之前升级过python，原来版本是2.7，升级python3后，yum 调用python找不到2.7的版本了

有两个配置文件需要修改

然后直接
11.序列拼接软件stampy的安装
需要gsl依赖，请看下文。
进入官 ，填写邮箱，等压缩包
解压缩，
然后
异常，出现了
解决方法

结果执行时又出现了权限不允许

使用sudo命令，还是不行

后来想了想，用python查看是否安装正确

可见安装正确，改一下权限就行

执行

12 zlib库安装
ubantu版

1. 安装megahit

make 时候出错，

可能是因为系统没有安装 std

14.samtools
OS : centos 7
pbzip2: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

刚开始，以为此软件没有安装，于是yum install bzip2-libs 。安装之后，依然 错。后来使用find / -name libbz2.so查找文件位置，发现都在/usr/lib64/目录下，然后在此目录中，
做一个软链接libbz2.so.1.0，指向已经有的libbz2.so.1.0.6

15.lighter安装

16.fastp安装

17.minia安装

没有安装成功

18.fastqc安装

19.gapcloser安装

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