breakdancer安装过程中 错信息解决方法——SV结构变异

一、安装breakdancer
1：在安装breakdancer之前必须先安装以下几个包

yum安装以下包：

yum -y install perl

yum install perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker

接着安装以下包

GD-1.18、GDGraph-1.44、GDGraph-histogram-1.1、GDTextUtil-0.86、Math-CDF-0.1、Statistics-Descriptive-3.0100

以GD-1.18为例，其他同：

cd GD-1.18

perl Makefile.PL

make

make install

2、下载breakdancer-1.1.2_2013_03_08.zip
3、安装samtools
安装samtools之前先解压下载好的breakdancer-1.1.2_2013_03_08.zip，查看Makefile中要求的samtools版本

all:
g++ -g -Wall -O2 -I/Users/kchen3/pkg/samtools/samtools-0.1.6 BreakDancerMax.cpp AlnParser.cpp Poisson.cpp -o breakdancer-max -lm -lz -L/Users/kchen3/pkg/samtools/samtools-0.1.6 -lbam

默认要求是samtools-0.1.6，因为这个版本是已经编译好的，所以你安装的breakdancer的时候会 错，会找不到sam.h等一些头文件

因此
建议安装samtools-0.1.9版本
wget https://netix.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.9/samtools-0.1.9.tar.bz2
tar jxf samtools-0.1.9.tar.bz2
cd samtools-0.1.9
make
###可能会 错
错信息：
/lib64/libtinfo.so.5: error adding symbols: DSO missing from command line
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [samtools] Error 1

解决方法：
将samtools目录下Makefile中的
LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
改为
LIBCURSES= -lncursesw -lm -ltinfo
然后再进行
make
make install

4、安装breakdancer-1.1.2_2013_03_08.zip
unzip breakdancer-1.1.2_2013_03_08.zip
cd breakdancer-1.1.2/cpp
make
####可能会 错，找不到一些库文件加粗样式

你需要修改Makefile文件
原文件内容：
all:
g++ -g -Wall -O2 -I/Users/kchen3/pkg/samtools/samtools-0.1.6 BreakDancerMax.cpp AlnParser.cpp Poisson.cpp -o breakdancer-max -lm -lz -L/Users/kchen3/pkg/samtools/samtools-0.1.6 -lbam
修改为：
all:
g++ -g -Wall -O2 -I/path/samtools-0.1.9 BreakDancerMax.cpp AlnParser.cpp Poisson.cpp -o breakdancer-max -lm -lz -L/path/samtools-0.1.9 -lbam

path表示你自己安装的samtools路径
然后再执行make，就ok了。

二、breakdancer使用：
perl /path/breakdancer-1.1.2/perl/bam2cfg.pl -v 5 4.dedup.bam > test.cfg

/path/breakdancer-1.1.2/cpp/breakdancer-max test.cfg > test.sv.output

详细使用方法见：http://breakdancer.sourceforge.net/index.html

染色体间易位(Interchromosomal translocation, CTX)：不同染色体之间发生的平衡易位产生两条交叉的染色体，不平衡的易位将只会保留一种交叉染色体

染色体内易位(Intra-chromosome translocation, ITX)；

转置(Inversion, INV)；

缺失(Deletion, DEL)；

插入(Insertion, INS)。

注：bam2cfg.pl产生配置文件时注意：

1、加bam文件头

2、paired-end测序数据

3、做染色体间排序，染色体内排序，duplication注释