Nanopore 16S测序数据分析流程之blast/last

最近有朋友和我交流纳米孔16S测序数据的分析，发现真的没有从头完成过一次这方面的数据分析，然后发现这方面的资料也比较少，于是学习一下，和大家分享。坦白说，牛津纳米孔测序技术在16S多样性研究方面还是有些不足的，只能说勉强够用，主要应用场景是在一些现场快速检测方面，主要是病原菌这种。但是，相信随着测序准确度的提高和分析软件的改进，相信它的应用会越来越多。感谢互联 的便利和分享精神，今天的我们可以方便地获得测序的原始数据，并可以自由进行分析。
last方面的内容主要参考自IT帮一个兄弟的博客，之前提到过https://ithelp.ithome.com.tw/articles/10200625

1.软件和数据准备

处理牛津纳米孔的测序数据，首先当然要安装相关的专用软件了，基本上原厂出的，原厂品质，放心！还有就是minimap2和yacrd，用于去嵌合。数据来自一篇文章，文件不大，直接下载或者ascp下载均可。

2.数据预处理

基本上是质控的过程，先看下测序质量，当然纳米孔的质量还是有点低的，特别是手上下载的数据是低版本的测序芯处R9.4，未来的R10可以通过两个纳米孔串联提高到95%。接着就是去除测序的接头，获得真正的测序序列，是不是引物也应该切除是估计数据库里的序列也应该不包含引物，所以估计引物影响不大。然后，进行过滤，除去明显不符合要求的序列。

结果依然是类似于fastq质控 告的一个函数，不过统计指标少了几个，有两个把reads长度和质量分布放在一起的图不错。

3. last比对

————–我是分界线的结束———–

最后，如果顺利，就是结果了：