FLS 官 FMRIB’s Software Library
FSL – FslWiki
全名是： FMRIB’s Software Library – FMRIB 是 英国牛津大学脑功能磁共振成像中心，FSL 则是他们开发的一个软件库。 – 由 Stephen Smith 教授开发，发布于 2000年 – 适用于所有操作系统 – 用于结构 MRI、功能 MRI（任务、静息）、扩散 MRI的分析 – MRI, CT数据的预处理和分析 – MRI, CT数据的查看
FSL 的应用举例
1. 分割之–大脑图像提取/去头骨
普通扫描的大脑图像包含非常多的组织，如图所示
除了大脑组织以外，还包括皮肤，头骨，眼球，嘴巴，喉腔等解剖结构，这些结构会影响我们对大脑的分析。因此，希望对脑组织和非脑组织进行自动分割。
这里就可以用到功能，该过程可以叫 [去骨/脑组织提取]
从图上来看，操作也是非常简单，一句命令就搞定了。图片上有橘色和紫色区域就是提取出的脑组织。
2. 分割之–组织分割
上述中，我们只是把脑组织从图像里分割出来，更进一步，我们可以对脑实质进行分割，分割出白质（WM），灰质(GM)以及核团（CSF）
该任务就相当于是对大脑组织进行三类分割。
这里就可以用到功能。
3. 配准
配准功能也是非常强大，内置了很多个标准空间。
这里使用的功能 ,
但是，无论是分割还是配准，都有局限性：只对 MRI 脑数据有作用,因为FSL 本身就是脑影像数据处理软件。
那我们不做 MRI 脑数据，这个工具还能干什么呢/em>
以下简单介绍一些通用功能：
4. 使用FSLeyes查看图像
该工具有点类似 PS 工具，可以叠加好几个图层进行显示。比如底层是原始图像，上面一层是分割结果。
5. Fslutils 工具包
是一组有用的命令行实用程序，允许分析和 Nifti 格式数据集进行转换、处理等。可以同时处理 3D 和 4D 数据。对于这些程序中的每一个，只需键入程序名称即可获得使用帮助。
references：
介绍一款 MRI&CT 图像预处理强大工具–FSL – 知乎
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Section2: 安装教程
FSL安装：基本按照官方文档来的
功能的概述和安装指南
windows下安装步骤如下：
1、下载FSLvm因为FSL要运行在linux下，所以windows系统只能用虚拟机FSLvm
2、下载VMware Player，安装教程 上有，装好就行了
3、解压FSLvm，通过VMPlayer打开 FSLVm6_64.vmx
4、系统默认的密码是fsluser
5、在终端cd到桌面安装fslinstaller.py
基本上FSL就可以使用了
共享文件夹：需要先安装VMware tool
参考这个 页reinstall vmtools，以实现windows和虚拟机之间的拖拽功能。
FslInstallation/Windows – FslWiki
然后参考：
手动安装VMware Tools For Linux – 简书
1.开虚拟机，启动客户机CentOS。
2.点击VM工具栏中“虚拟机”->”安装VMware Tools”。
3.此时在CentOS桌面出现光盘图标，点击打开光盘文件，文件夹中有名字为VMwareTools-*****.tar.gz的压缩包。*****指任意字符，每个虚拟机的版本可能不一样。
4.复制这个“VMwareTools-*****.tar.gz”文件，到你指定的目录。
5打开CentOS的terminal终端 （cd) ，使用命令“tar -zxvf VMwareTools-*****.tar.gz”解压此文件在当面目录下。
6输入命令“cd vmware-tools-distrib”进入解压后的目录。
然后再终端输入命令“sudo ./vmware-install.pl”即可安装VMware tools。
此处解压很多文件。略去。
在往下有很多选择，我基本选择了Yes或回车。也不懂这样做对不对。
因为本身是升级，也是在 上看到的。
Question1: 使用FSL时出现error
cannot open shared object file: No such file or directory
在ubuntu 18.04上安装FSL 6.0的问题|小空笔记
我按照官方 站上的说明：FslInstallation/Linux – FslWiki
当我在安装后检查安装时，第一次检查通过： 它返回
但是对于正确路径的第二次检查，它失败了： 它返回
我仍然可以打开这个软件的GUI。但它似乎有问题，我该如何处理呢/p>
我已经解决了这个问题。任何有类似问题的人请在你的航站楼做in。之后，当您键入时，它将返回。
我在FSL 6.0初始安装时遇到了类似的问题。以下有助于解决问题：
Question2： FSLeyes 看3D， 旧版本只能看2D，所以需要重装。参考
先安装anacoda环境
Anaconda与虚拟环境（所有操作均在root下）
??先切换到root用户，避免后面反复输密码，不过操作要小心，不要误删了东西。
获取最新版Anaconda3
安装Anaconda3
安装FSLeyes
??激活上面创建的虚拟环境
??通过conda-forge安装FSLeyes
??安装完成之后，进入fsleyes所在目录，我的在 opt/anaconda3/envs/fslpython/bin/下，然后./fsleyes运行fsleyes，如果弹出如下界面，说明FSLeyes安装成功了。但GUI上还是不能用。
FSLeyes – FslWiki
Installing FSLeyes — FSLeyes 1.3.3 documentation
使用fsl进行MRI脑图像分析_生物医学信息学博客-CSDN博客_vertex-wise
Installing FSLeyes — FSLeyes 1.3.3 documentation
FSLeyes – FslWiki
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VMware怎么新建虚拟机|VMware Workstation创建虚拟机步骤
http://www.xitongcheng.com/jiaocheng/xtazjc_article_15267.html
ubuntu ios 镜像
https://old-releases.ubuntu.com/releases/precise/
VMware中创建虚拟机并安装Linux操作系统教程
https://blog.csdn.net/qq_44026969/article/details/88408665
MRI数据处理: FSL线性配准flirt命令
https://www.shangmayuan.com/a/c490e32d4eb9441d93861f2e.htm
【核磁共振影像数据处理】fsl线性配准界面操作
【核磁共振影像数据处理】fsl线性配准界面操作or代码处理都要_哔哩哔哩_bilibili
FSL软件安装
FSL软件安装 – 知乎
MATLAB脑影像数据处理零基础教程
MATLAB脑影像数据处理零基础教程_哔哩哔哩_bilibili
References:
FSL+Windows安装及BET使用_STEPBYSTEP-CSDN博客
??????Window下安装脑图像处理软件FSL_凌空的桨-CSDN博客_fsl软件
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