文章目录
- 前言
- 一、总体工作流简介
- 二、ligprep参数介绍
- 三、grid_gen_from_pv.py 参数介绍
- 四、GVSrun参数介绍
- 五、相关文件
- 六、时间预估
- 六、 特别感谢
前言
glide作为广为人知的分子对接软件，提供了非常方便的各类型对接工作，本篇文章旨在介绍如何方便的在无图形化界面的liinux集群中运行整个分子对接流程
一、总体工作流简介
一般情况下默认参数即可，在slurm集群上采用如下代码提交任务()：
三、grid_gen_from_pv.py 参数介绍
SCHRODINGER本身其实就提供了很多python脚本以实现各种功能
脚本路径：/home/xiaxichen/hyd/Schrodinger-soft/mmshare-v5.4/python/script
脚本执行方式 $SCHRODINGER/run XXX.py [Options]
脚本查询：https://www.schrodinger.com/scriptcenter
可以看到参数非常少，连基本的 格大小都不可以设置。所以建议还是在本地创建好grid文件在传到集群上为宜，首先是所需时间其实也非常短，其次就是能够加深对蛋白结构的理解和更多的 格设置选项。
四、GVSrun参数介绍
GVSrun通过环境变量compound_library来获取系统中化合物数据库的位置；如果不存在该变量需要利用-d参数给定化合物数据库路径（）除此以外，脚本需要知道安装好的薛定谔路径：
- ~/.bashrc中指定好**$SCHRODINGER**环境变量，这也是正常安装薛定谔已经完成的操作；
- 也可以修改脚本，直接更改默认的SCHRODINGER路径（脚本第22行修改);
- 可以使用各种参数进行组合进行所需分子对接的定制，在这里重点介绍Running mode参数（其余参数如上所示就不加赘述了），GVSrun一共拥有12种Running mode分别对应这常见的12种分子对接方案，他们分别是：
- 以及如何制定新的Running_model（），每个Running_model其实就是个各项任务的组合，对于新的Running_model制定所需要添加的内容有三个部分：方法注释，运行逻辑， 任务运行代码：
#===========================#添加方法注释#===========================@Available Running Mode:Advance: dock screening. "HTVS_Normal+SP_ExtensionA+SP_Enhanced" #任务组合，代码93行@Screening: Reduce the number of compounds rough docking. Related to -a option. HTVS_Normal: The standard HTVS screening.@Standard_Docking: Standard docking was performed to rank the compounds. Related to -b and -c option. SP_ExtensionA: Reward intramolecular ligand hydrogen bonds, and accept halogens as H-bond acceptors. SP_Enhanced: Increase the depth of sampling for larger grid or More accurate poses. #===========================#添加运行逻辑#===========================Parse_Running_Mode(){ # Parse_Running_Mode Running_Mode Running_Mode=$1 if [ $Running_Mode == "Normal" ]; thenPipeline="RDL+HTVS_Normal+QIKPROP+R5R+SP_ExtensionA" elif [ $Running_Mode == "Prep_Normal" ]; thenPipeline="No_Dup+RDL+IONIZE+HTVS_Normal+QIKPROP+R5R+SP_ExtensionA" elif [ $Running_Mode == "Normal_MMGBSA" ]; thenPipeline="RDL+HTVS_Normal+QIKPROP+R5R+SP_ExtensionA+MMGBSA_EN" elif [ $
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