1. 软件安装

1). 需要安装转件名称：
AutoDock：http://autodock.scripps.edu/
mgltools：http://mgltools.scripps.edu/downloads
OpenBabel：http://openbabel.org/wiki/Category:Installation
PyMOL：https://vina.scripps.edu/
Python（3.0版本）
上述安装包除PyMOL外均可免费安装，如果在相关论文中使用了PyMOL进行三维结构呈现，但是您所在单位并没有购买此款软件，那么可能会面临官方的追责和罚款，因此可以使用响应的Vina py包，直接调取命令进行拼接。当然上述安装包，我已经上传到了百度 盘，就不需要大家一次下载了。

链接：https://pan.baidu.com/s/1PzHfd3P_C1JMkt5bkMuV3w
提取码：b2xw

2)创建工作环境
上述软件安装完毕后，我们需要选择一个盘设置一个AutoDock工作环境，以后就在该文件夹下进行分子对接，我这里设置在了D盘，新建一个名称为AutoDock的工作环境。找到AutoDock的安装文件，会发现下面两个文件，如果你没有更改安装路径，你的可能会在C:Program Files (x86)The Scripps Research InstituteAutodock4.2.6 。然后将这2个文件复制到新建的D:Autodock中。

3) 设置工作路径

打开AutoDock，按照下图顺序操作，找到修改工作路径的操作界面

2. 选择蛋白质受体

获取蛋白质三级结构最直接的办法就是去PDB 搜索：http://www.rcsb.org/。

5.受体文件预处理

1) 去掉水分子

打开PyMoL软件。
直接打开我们下载的pdb格式的分子结构文件