NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估

简介

二代测序最常用的质量评估软件是FastQC，多样本时可进一步结合MultiQC。此外速度超快的fastp也特别推荐，而且包括质量评估、质量控制等功能，可以说是国产软件之光，详见下方详细教程：

• 数据的质量控制软件——FastQC

• 整合QC质控结果的利器——MultiQC

• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

三代纳米孔(Nanopore)测序数据与二代Illumina测序数据相比，具有读长更长、错误率高、长度分布不均匀等特点。传统的二代数据质量评估软件不适合，甚至无法开展分析(fastqc处理三代fastq文件直接 错)。今天为大家介绍一款常用的Nanopore数据评估软件——NanoPlot，该软件于2018年发表于Bioinformatics(https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty149)，截止2020年9月16日Google Scholar统计被引218次。

这是比较均匀的长度分布图。但很多时候是看不清楚的，如下图：

以10为底的对数转换长度。看到数据最大的峰主要分布在1K – 10K间。

X轴为长度，Y轴是碱基数量，更好地看出不同长度上的碱基数量分布。如果较紧密，可查看下面的log10转换结果

长度产出图 Yield by length

六边形图(蜂窝图)展示长度和质量的分布，色深代表序列数量。两侧加柱状图进一步呈现长度和质量的分布情况。

此外还有点图，核密度如等展示方式。

其他常见结果

guppy碱基识别后生成的统计文件sequencing_summary.txt进行绘图时，会有更多种类的图。其中部分如下：

每个通道的产量分布 Number of reads generated per channel

小提琴图展示不同时间产生读长的长度分布

扩展功能

• NanoComp: 多样本比较工具

• NanoStat: 读长或比对结果的统计摘要 告

• NanoFilt: 读长的过滤和剪切

• NanoLyse: 从fastq文件中移除污染序列

Reference

Wouter De Coster, Svenn D’Hert, Darrin T Schultz, Marc Cruts & Christine Van Broeckhoven. (2018). NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data. Bioinformatics 34, 2666-2669, doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty149

nanopore测序技术专题（十五）：利用NanoPlot进行数据质控 https://mp.weixin.qq.com/s/q9SS1KDBP6iBxmnZk0_-LQ

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