| 生物芯片 |
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| ScanAlyze 2.51 |
5.6M。进行微阵列荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。使用手册，1.3M，PDF格式，源代码，520K。原始 站。 |
| Cluster 2.20 |
5.2M。对大量微阵列数据组进行各种聚类（Cluster)分析与其它各种处理的软件，使用手册，290K。原始 站。 |
| TreeView 1.60 |
5.2M。用图形来显示Cluster软件分析的结果，用来发表。英文使用手册，290K，PDF格式。程序源代码，338K。原始 站。 |
| AMAD 1.01 |
2.4M。专门设计用于微矩阵的数据库，在支持Perl语言的Web服务器上使用。使用帮助见原始 站。 |
| ArrayMaker、v1.8.8升级文件 |
2.3M与960K，美国stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档，估计不能单独使用，也可做一个参考。升级文件直接覆盖同名文件便可。需先安装jogger，1.9M。相关帮助文档1与2，900K与100K，PDF格式。原始 站。 |
| J-Express pro 2.5 |
25M，是一个用JAVA语言写的应用程序，用来分析微阵列（microarray）实验获得的基因表达数据。需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行，使用手册，PDF格式，4M。原始 站。 |
| ArrayVision 8.0 R4 Demo |
117M。是一个用来方便定量基因表达阵列分析的软件。它提供了快速、自动分析阵列图像的方法。此为Demo版，可免费全功能使用28天。注意：只能在NT或者Win2000/Win XP下使用。安装序列 ：ademo80r40。正式版：6900美元。原始 站。 |
| IconoClust 2.2 Demo |
12M，30天全功能演示版。专用微阵列图像分析软件。正式版420欧元。原始 站。 |
| clusfavor 6.07 |
2M。对微阵列数据进行聚类分析（cluster）并将图形存储成发表质量的JPG格式图形软件。英文使用手册。原始 站。 |
| GeneCluster 2.0 |
19M，进行聚类分析（cluster）软件。原始 站。 |
| MAExplorer Version 0.96.34.01 |
14.5M，是一个基于JAVA程序的微阵列数据库数据采集软件，用来帮助发现和癌症、疾病相关的调节基因，可进行各种微阵列数据分析工作，直接链接到 上的各种基因组数据库。使用手册，4.7M。原始 站。 |
| FreeView和FreeOView |
176K，基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能，源代码，64K。需要安装JRE和 Java Advanced Imaging (JAI) version 1.1。原始 站。 |
| dchip 1.3 |
1.2M。DNA芯片分析软件，似乎是两个华人开发的软件，最好在WIN2000下运行。使用手册，PDF格式，530K。原始 站。 |
| SAM 1.21 |
24.5M。Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，Stanford大学编制，如果无法下载，请去原始 站自行注册下载。原始 站。 |
| BRB-ArrayTools 3.2 |
34.4M，显示和统计分析DNA微阵列基因表达数据软件包。使用手册，870K。原始 站。 |
| Pusamen 1.0 |
| AMADA 2.0.7 |
5.5M，是Analysis of Microarray Data的缩写，是一个集成软件，用来组织、研究、显示、分析微阵列(Microarray)数据。程序界面类似EXCEL,进行数据转换、主要组成分析、各种聚类分析与图形显示功能。香港大学Xia Xuehua所著。原始 站。 |
| DNA_MAP 1.0 |
8.2M，分析显示微阵列(Microarray)数据软件。原始 站。 |
| Gal File Maker v1.2 |
1.2M。数据转换软件，将96孔板文件转换为384孔板文件，将384孔板文件转换为GAL文件（Axon GenePix Gene Array List file）。原始 站。 |
| Array-A-Lizer 1.03 |
3.3M，DNA阵列实验结果快速分析软件。在对数据进行进一步分析前，用来快速确定DNA阵列实验数据的质量。源代码，3.6M。原始 站。 |
| cluster 3.0 |
700K，日本学者编写的cluster软件的增强版，增加了K-Means算法，以寻找最佳聚类结果。原始 站。 |
| ExpressionSieve Lite |
1.3M，微阵列数据分析与显示软件包简化版，JAVA语言写成。原始 站。 |
| GenePattern 1.2.1 |
140M，MIT学者用JAVA语言编写的表达分析高级生物医学分析软件平台，除了进行微阵列分析以外，还可以进行多种数据分析、共享数据，并能以单机或者联机模式运行。原始 站。 |
| GenMAPP 2.0 |
30M，(Gene MicroArray Pathway Profiler)的缩写，将基因表达微阵列数据进行分析并图形化显示软件，以图形形式显示以体现生物学途径或者是基因的分组，原始 站。 |
| MADAM v4.0 |
57M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。MicroArray DAta Manager的缩写，微阵列数据管理器，用来将数据输入为交互数据库格式，并对数据进行管理。JAVA语言编写。使用手册，PDF格式，700K，演示幻灯片，PPT格式，3.4M。原始 站。 |
| Spotfinder v3.0 beta |
6.4M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。快速分析微阵列图像工具软件，定量化基因表达结果并输出为TAV格式、EXCEL格式或数据库格式。使用手册，PDF格式，700K。演示幻灯片，PPT格式，4.2M。原始 站。 |
| MIDAS 2.19 |
9M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。微阵列数据分析系统，Microarray Data Analysis System的缩写，除了以直观的图形显示所处理的数据，还对各种微阵列数据进行标准格式转换，输出格式为TAV格式。JAVA语言编写。使用手册，PDF格式，1.7M。演示幻灯片，PPT格式，4.8M。原始 站。 |
| MeV v3.0.3 |
31M，TIGR推出的微阵列分析软件包之一。MultiExperiment Viewer的缩写， 通用微阵列分析工具，运用各种算法对格式化好的微阵列数据进行聚类、统计、显示、分析。使用手册，PDF格式，7M。演示幻灯片，PPT格式，1M。原始 站。 |
| TreeArrage |
310K，对微阵列表达数据进行重新排序和聚类分析软件。如果无法下载，请自行到原始 站注册下载。原始 站。 |
| Java Treeview 1.0.8 |
1.5M，一个开放源代码的微阵列数据显示软件。Java语言写成。原始 站。 |
| EXPANDER 1.2.1 |
3M，(EXpression Analyzer and DisplayER)的缩写。基因表达与显示软件包。用JAVA语言写成，可对微阵列数据进行聚类分析、显示及处理。原始 站。 |
| OligoArray 2.1 |
8.6M。用于基因组规模微阵列的寡核苷酸探针设计软件，原始 站。 |
