CADD课程学习（13）– 研究蛋白小分子动态相互作用-II(水中的溶菌酶 GROMACS)

案例一：模拟体系：水盒子中的蛋白质（溶菌酶，lysozyme）及离子

本案例为一个蛋白质（溶菌酶，lysozyme）加上离子在水盒子里的模拟过程。
官方教程链接：http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/index.html
非官方中文翻译链接：http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/
下载地址：http://public-ehs.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/packages/Lysozyme.targz本教程适用于2018.x以上GROMACS版本

整体步骤

本案例需要的外部文件及跑完分子模拟的结果文件：
链接：https://pan.baidu.com/s/1jgoJR_kBSH4tdrTpBw4D0Q
提取码：asd8

第一步：准备拓扑文件

PDB 站下载溶菌酶（PDBID：1AKI）