文章目录

- SourceTracker有什么用/li>
- 软件简介
- 软件结果解读
- 原文解读
- 文章实战解读
- 软件安装
- 输入文件准备
- - 实验设计
  - OTU表
- 代码中文解读
- Reference
- 猜你喜欢
- 写在后面

还没有仔细学习的，赶快读两遍吧！

Nature综述：大佬手把手教你分析菌群数据——1.8万字

SourceTracker有什么用/h2>

婴儿的肠道菌群有哪些继承了母亲的肠道菌群、哪些来自阴道菌群、哪些来自皮肤

软件简介

Bayesian community-wide culture-independent microbial source tracking 于2011年发表于Nature Methods

我们之前解读过Rob Knight的一篇Sciences文章中图2A就使用此软件分析确定尸体腐败过程中主要菌来自于土壤的结果。

16S+功能预测发Sciences

软件结果解读

图1 SourceTracker和其他模型的比较。所示模型估计模拟样本中两个源环境的比例，Jensen-Shannon差异表示环境之间的重叠程度从0（完全相同，因此不可能消除歧义）到1（完全不重叠，因此容易区分）。绘制了估计比例的确定系数（r2）。每个点代表100个样本的三次试验的平均R2；误差条显示均值的标准误s.e.m.（n=3）。

Figure 1 | Comparison of SourceTracker and other models. Indicated models estimate the proportions of two source environments in simulated samples, as the degree of overlap between the environments was varied from a Jensen-Shannon divergence of 0 (completely identical and thus impossible to disambiguate) to 1 (completely non-overlapping and thus trivial to disambiguate). The coefficients of determination (R2) of the estimated proportions are plotted. Each point represents the mean R2 for three trials of 100 samples each; error bars show s.e.m. (n = 3).

图3 常见污染操作分类单元（OTU）的相对丰度。SourceTracker可以为水槽样本中的每个OTU观测序列分配不同的源环境。这十个OTU源对在水槽环境中具有最高的平均相对丰度，不包括未知源。图例给出了OTU的属级分类、OTU标识符和分配给这些观测的源环境。值得注意的是，被归类为肠杆菌的OTU，一种常见于肠道的谱系，在皮肤训练样本中比在肠道训练样本中更为普遍。

Figure 3 | Relative abundance of common contaminating operational taxonomic units (OTUs). SourceTracker may assign a different source environment to each observation (sequence) of an OTU in the sink samples. These ten OTU-source pairs had the highest average relative abundance across sink environments, excluding the unknown source. The legend gives the genus-level taxonomic classification of the OTU, the OTU identifier and the source environment assigned to these observations of the OTU. Note that the OTU classified as Enterobacter, a lineage commonly seen in the gut, was more prevalent in the skin training samples than the gut training samples.

文章实战解读

剖腹产的婴儿患免疫和代谢疾病的风险增高，被认为可能由于缺乏了与母亲生殖道分泌物（包括微生物）的接触；母亲生殖道的分泌物会覆盖顺产婴儿的全身，促进了婴儿口腔、肠道、皮肤菌群的定殖，以及对婴儿的保护作用；对剖腹产婴儿涂抹分泌物，随时间推移，其各部位菌群特征逐渐趋向于顺产婴儿。该方法可以部分的恢复剖腹产婴儿菌群，但对健康的长期影响有待观察，以及样本量也需要扩大。

软件安装

SourceTracker是一个R脚本，最新版本地址： https://github.com/danknights/sourcetracker ，版本1.0，2016年9月18日更新

example.r使用data目录中的OTU表和mapping实现文章中的分析实例

运行中显示如下结果:

输入文件准备

按照标准的实验设计和标准的OTU表，在example.r中修改对应的分组，即可分析自己的数据了，非常easy。最好按照示例的文件填写内容，减少代码修改直接运行，以下有实验设计信息说明：

实验设计

示例文件：

你的实验设计必须有前4列

列：样品编，以英文字母开头，最好只包括字母和数字，必须与OTU表行名一致
列：样品名，即样本名称，可以包括空格，非字符，展示为图为标签方便阅读理解

OTU表

示例文件：

QIIME导出biom后的经典表格格式：行为OTU编，列为样本名，矩阵对应为原始测序数量

代码中文解读

最后结果绘图，可选饼形图(pie)、柱状图(bar)和堆叠图(dist)，如上面示例所示。

Reference

Knights D, Kuczynski J, Charlson ES, et al. Bayesian community-wide culture-independent microbial source tracking [J]. Nature Methods, 2011, 8(9): 761. DOI: 10.1038/nmeth.1650
Metcalf, J. L., et al. (2016). “Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition.” Science 351(6269): 158-162.
Dominguez-Bello MG, De JKM, Nan S, et al. Partial restoration of the microbiota of cesarean-born infants via vaginal microbial transfer [J]. Nature Medicine, 2016, 22(3): 250-253.
https://www.nature.com/articles/nmeth.1650
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21765408

写在后面

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