第三plus：堆资源，或者找个新药研发平台/strong>
为啥堆资源就快了/p>
1、充足的资源会给研发人员带来充足的想象力和试错空间，而不是束手束脚施展不开。
就像有人问一位Google芯片设计师：在Google做芯片，是一种什么体验说：就像小朋友走进了一家糖果店，开心疯了。（做芯片设计也是需要大量资源的
2、充足的资源能够提供更高的计算精度和准确性，提高结果的质量和可用性。
2020年3月，哈佛大学医学院在《Nature》发表的论文《An open-source drug discovery platform enables ultra-large virtual screens》就明确推导了真阳性率与所筛选化合物数量的函数关系的概率模型，证明：化合物的最高打分随着规模增加而提高。
更多你想要的答案，这里应该都有
新药研发平台36问
一、云平台支持哪些CADD/AIDD场景/strong>
二、云平台支持哪些应用持自定义工作流吗/strong>
三、对CADD/AIDD研发部门来说，有哪些好处/strong>
四、对IT部门来说，有哪些好处/strong>
一
云平台支持哪些CADD/AIDD场景/strong>
1、如何支持AIDD场景/strong>
在AIDD方面，我们支持AlphaFold、RoseTTAFold等常用AI框架所需资料和快速环境的搭建，并支持更多组件按需集成。
二
云平台支持哪些应用持自定义工作流吗/strong>
9、云平台能覆盖到我常用的软件吗/strong>
我们支持常用的生物/化学计算类应用，包括：生物化学与分子生物学/化学工程/生物化学/应用化学/生物工程/药物化学/分析化学/物理化学/高分子化学与物理。
10、具体来说，支持哪些生物/化学计算类应用/工具/strong>
我们支持几乎所有的生物/化学计算类应用/工具，包括：AutoDockVina、Amber、FastQC、DeltaVina、GATK、Gromacs、Schringer、NetMHC、Rosetta、BCFtools等。
更多支持应用列表，欢迎文末扫码添加小F获取。
11、你们支持Alphafold吗/strong>
我们可以快速提供Alphafold等常用环境，方便用户快速进行后续研究。
12、我们用的软件是自己编译的，你们平台支持吗/strong>
支持。我们提供的集群环境镜像已包含常见应用工具运行所需的依赖库，用户也可以自行安装配置。
13、对于一些商业软件例如Schringer，你们提供License吗/strong>
商业软件的License文件需要客户自行提供，fastone提供License Server进行统一管理。
14、分子对接流程能不能自定义云之后每次都要重新弄一遍吗/strong>
很多时候，现成的应用往往无法满足用户的需求，需要根据自己的模型和研究目标，自定义设置一套独有的工作流程。
特别是新药研发所涉及的应用上，可以说几乎没有一模一样的工作流。
我们已经实现了多款应用（如Vina、Amber）的自定义工作流，可以根据用户的实际使用场景（包括入参文件、结果文件、流程使用方式、步骤以及相关说明等）实现自定义模板和脚本自动化。用户也可以提供脚本，由我们协助完成并行化改造。
15、你们是否提供固定的工作流模板/strong>
提供。
用户在进行了一次或多次复杂的设定之后，能把这些设定保存成固定模板，不用重复手动去一步步重新设置。一次制作，反复使用，省时省力，还不用担心中间出错。
而且，这套自定义的设置是可以跨应用存在的，不一定局限在一个应用范围内。自己重复用，共享给团队的其他人用，都可以。
19、有些应用需要先跑完主任务再跑其他任务，上云可以智能化跑任务吗/strong>
有些应用在运算时存在依从机制，每若干个任务中包含1个主任务，只有当主任务运行结束后，其他任务才能开始并行运算。
由于任务有先后，所以需要先跑主任务，在每个主任务完成之后自动调度资源并行运算其他任务。
而不同任务完成时间可能不同，对资源的需求量可能时高时低有波动，最终结束关机时间也不同。
我们使用Slurm调度器按顺序调度任务排队，Auto-Scale功能可自动监控任务和资源需求，动态按需地开启与关闭所需资源。
详细的自动化过程可参考27问。
20、做分子对接，动不动就是几百万上千万个分子，太贵了，有节约成本的方案吗/strong>
分子对接规模如果巨大，有什么好的解决办法能加快这个过程么做到的/p>
分子对接的一大特征是任务数量庞大而单个任务计算时间短，单个分子对接的时间通常在几分钟以内（与参数设置有关）。
这一特征天然匹配云端的SPOT实例。
当便宜且随时可能被抢占中断的SPOT实例遇到迷你却海量的分子对接任务，简直就是天造地设的一对。
1、常规分子对接任务几分钟即可算完，特别适合SPOT这种分分钟可能被抢走的状态；
2、fastone平台具备自动重试功能，一个任务被中断可以自动重新提交，任务之间互相不影响，重新提交单个任务影响很小。
详见《生信云实证Vol.3：提速2920倍！用AutoDock Vina对接2800万个分子》
21、任务量比较大，想提前预估一下费用再做决策，有没有什么好办法/strong>
我们平台预设了智能预测功能，以MOE为例。
用户在fastone平台的图形化操作界面运算MOE任务，完成以下步骤：
1、用户上传数据文件（平台自动解析文件，判断其中包含的分子数量）
2、用户输入期望的运算时间（平台推荐用户适配机型或用户自行选择机型）
3、系统得出预测成本
我们平台可综合考量用户对完成任务所需时间和成本的具体要求，在多个云厂商的资源之间选择最适配的组合方案，为用户跨地区、跨云厂商调度所需资源。
26、用Amber跑任务，用GPU跑非常快，但是有时候会跑失败，用CPU虽然稳定但是慢，你们怎么解决/strong>
这是Amber18版本的固有问题，在使用GPU时计算时有10-15%概率失败，需要及时调度CPU资源重新计算。我们平台支持优先使用GPU计算，当任务失败时，自动调用CPU重新计算。
该问题已在Amber20中修复。
Auto-Scale功能可以根据任务运算情况动态开启云端资源，并在波峰过去后自动关闭，让资源的使用随着用户的需求自动扩张及缩小，最大程度匹配任务需求。
28、你们是什么存储策略用呢/strong>
冷存储和热存储的费用是不一样的，我们会根据用户的情况提供个性化的解决方案。
29、数据备份的频率如何高可以达到多少有策略怎样/strong>
默认每周六进行数据备份，也可以根据客户需求按天或按小时备份。
30、使用平台的工作人员比较多，能否对每个人设置使用资源的上限/strong>
fastone平台的权限和角色管理功能，支持管理员角色对每一个用户进行相关权限设定，包括预算使用上限和CPU核数使用上限，从而在全局角度管控项目的资源消耗。该功能与智能预测配合使用，能够从多个层面对预算和资源进行全方位规划。
35、云上云下的安全如何保障/strong>
安全是一个立体的概念，包括系统安全、应用安全、流程安全、数据安全等很多方面。
云的基础架构和传统IT架构在安全方面并没有本质上的区别，依然是利用计算节点和存储资源。很多人觉得这两者之间存在差异，我们认为这取决于个人的认知。
本地的安全措施在云上都可以实现，同时云厂商本身还提供更强大的安全保障。
36、数据安全如何实现/strong>
数据全部通过安全协议传输，并支持RBAC的数据访问认证鉴权。
同时，我们还支持数据加密存储，算法可自定义。
– END –
我们有个新药研发云平台
集成多种生命科学领域应用，大量任务多节点并行
应对短时间爆发性需求，连 即用
跑任务快，原来几个月甚至几年，现在只需几小时
5分钟快速上手，拖拉点选可视化界面，无需代码
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