之前一般只做了两个蛋白质结构的比对，打开pymol，先后导入两个蛋白质的pdb文件，然后align即可。如下图所示：
现在就有了三个pdb文件，一个是原有的作为固定的pdb蛋白结构，另外两个是经过移动比对后保存的对应坐标的pdb文件。最后将这三个pdb文件导入pymol软件中可视化显示作图即可。
由于作图美观的需要，这里顺便提一下通过命令如何修改helix的厚度和宽度：
pymol > set cartoon_oval_width, 0.2
pymol > set cartoon_oval_length,0.8
ray
save *.png
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