一、题目要求

对Swiss-Model和Modeller建模结果进行VMD可视化比较

二、操作过程记录及结果

RMSD比对

模型间比对

选取多模板建模出来的两个结果，使用VMD的RMSD Tool，对1-630全部氨基酸，计算出RMS deviations：8.02，VMD可视化看得出来两个结果如同重影一般，非常相近。

模型模板间比较

将使用1rt8.1模板，用Swiss-model建立的模型，红色是1rt8模板，黄色是模型，可以看出来两个几乎一模一样，由此可以知道Swiss-model同源建模，对于有已知结构的部分，是直接使用模板的。

图表 3EF-hand区域

分析与讨论

Loop区域由于本身结构可变化，所以建模时候，会有差异，并且之前EF-hand部分之前补上，那段区域效果也不是很好。