#AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新)

Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:

有两种指令:

1.sander

2.pmemd

以实例进行展示

串行版本

sander -O -i md.in -p complex.prmtop -c density.rst -x md1.nc -o md.out -r md.rst -inf md.mdinfo

并行版本

mpirun -np 24 sander.MPI -O -i md.in -p complex.prmtop -c density.rst -x md1.nc -o md.out -r md.rst -inf md.mdinfo

pmemd的是性能比sander更高的指令,其并行和穿行的用法和sander一致,但其独有gpu加速功能

pmemd.CUDA.MPI -O -i md.in -p complex.prmtop -c density.rst -x md1.nc -o md.out -r md.rst -inf md.mdinfo