文章目录

• 相关链接
• 1 蛋白质模建的几种方法
• • 1.1 同源模建
  • 1.2 折叠识别
  • 1.3 从头预测
  • 1.4综合方法
• 2. 实地操作&预测结果
• • 2.1 路线
  • 2.2 预测结果
  • • 2.2.1 Swiss
    • 2.2.2 pGen-Threader
    • 2.2.3 QUARK2
    • 2.2.4 I-TASSER
• 3. 蛋白质预测结果评分
• • 3.1 PDB文件的检验
  • 3.2 预测质量检验
  • • 3.2.1 人工结果检验
    • 3.2.2 RMSD（Root-mean-square deviation）计算结果
  • 3.3 查询SPIKE蛋白的结合蛋白（APN蛋白）的相关蛋白
• 4. Dock的简单实现（挖坑）

相关链接

http://3g.dxy.cn/bbs/topic/31372707f=2&dn=4 （modeller详细中文使用教程）
https://salilab.org/modeller/tutorial/ （modeller官方tutorial）

1 蛋白质模建的几种方法

1.1 同源模建

1. Modeller URL:https://salilab.org/modeller/
2. Swiss-Model URL:https://swissmodel.expasy.org/interactive

2.2.3 QUARK2

3.2 预测质量检验

3.2.1 人工结果检验

由于我们所预测的E蛋白截止到现在（2020年4月19日00:36:36）还没有实验室结果发表（已经进行结构测定的蛋白主要还是Spike蛋白，E蛋白关注的还是较少），所以我们只能通过简单的普遍E蛋白结构进行估计。

我们手上的数据中，只有I-TASSER和QUARK的结果是完全相同的size（毕竟师出同门）。通过相关的计算，得到了下方的结果：

经过reorder处理的结果才是minimun的RMSD值，此时才具有相对的比较价值。 此时的RMSD值并不乐观，在短链蛋白质下仍然比较大。和我们在人工观察下的结果是相同的。同时也证明了RMSD包是具有参考价值的。

3.3 查询SPIKE蛋白的结合蛋白（APN蛋白）的相关蛋白

https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83754328 (STRING库的相关用法)

我们使用STRING和STITCH库得到了和APN蛋白存在关联的关系图。
STRING偏向大分子，STITCH更倾向于小分子一些。

4. Dock的简单实现（挖坑）

https://zhuanlan.zhihu.com/p/42834554 （分子对接软件综述）