autodock-vina分子对接
1.蛋白质的处理
从蛋白库里获取蛋白质的初始结构文件http://www.rcsb.org/
这里我们选用3HTB蛋白复合物文件，用可视化软件打开pdb文件，这里选用pymol软件查看
这里我们用vina来进行模拟
vina用cmd命令行运行，脚本为conf.tx文件，内容如下，可增加参数
receptor = rep.pdbqt
ligand=JZ4.pdbqt
center_x = 22.333
center_y = -16.724
center_z = -9.278
size_x = 34
size_y = 34
size_z = 34
energy_range = 5
exhaustiveness = 400
num_modes = 20
运行vina
将生成的complex.pdbqt文件与rep.pdb文件一起导入到pymol中观察
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