| 软件类型 | 软件名称 |
| 基因组组装相关软件 |
abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、 Jabba、LoRDEC、MECAT、Proovread、 PBSuite、pilon、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等 |
| 基因组分析相关 |
AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN 、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、 PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE等 |
| 比较基因组软件 | Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust等 |
| 注释相关软件 | blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan等 |
| 比对软件 |
Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa 、tophat、hisat、bismark、ssearch36等 |
| 系统发育树软件 | MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip等 |
| 分化时间分析 | Paml、Beast2等 |
| 群体历史动态分析 | psmc、msmc等 |
| 基因流分析 | Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N等 |
| 高离散SNP筛选 | BayeScan、LFMM、bayenv2等 |
| 选择清除分析 | XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome等 |
| LD分析 | Haploview、Plink等 |
| ka/ks分析 | Yn00、codeml等 |
| 分子方差分析 | Arlequin、poppr等 |
| 全基因组关联分析 | plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM等 |
| QTL定位软件 | R/qtl、QTL Cartographer等 |
| 遗传图谱排图软件 | MSTmap、Onemap等 |
| 共表达分析 | WGCNA等 |
| 转录组组装 | trinity2.4.0、cufflinks、stringtie等 |
| 基因表达定量 | rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等 |
| 基因表达差异分析 | DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS等 |
| 富集分析 | topGO等 |
| 蛋白互作 | blast等 |
| 靶基因预测 | RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等 |
| 聚类去冗余 | cd-hit、tgicl等 |
| 转录因子预测 | iTAK等 |
| circRNA预测 | CIRI、find_circ、CIRCexplorer等 |
| lncRNA预测 | CPC、CNCI、CPAT等 |
| SNP分析 | star、GATK、Samtools等 |
| CDS预测、SSR分析 | transdecoder、MISA等 |
| APA分析 | TAPIS等 |
| 其它软件 |
fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、 R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch等 |
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