基因家族鉴定—pfam保守结构域的查找

• hmmer的安装
• Pfam_scan的使用

Pfam是一个蛋白家族数据库，其中Pfam-A是手工确定的高质量的蛋白家族，Pfam-B是自动注释的，是对A的补充。目前已更新到34.0，下载地址为ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/，任选一版本即可，需要两个文件，Pfam-A.hmm.gz和Pfam-A.hmm.dat.gz。

hmmer的安装

由于Pfam-A需要进行二进制的转换，方便运算，所以需要用到hmmer软件。
安装过程如下：

安装完成后，最好把hmmer的bin目录添加到PATH中去，方便pfam_scan.pl的调用。

• Pfam文件的转化：

• hmmer也可以直接鉴定pfam

Pfam_scan的使用

• Pfam_scan.pl的安装特别简单，直接下载解压即可。

• 安装完成后PfamScan目录下主要有三个文件ChangeLog， pfam_scan.pl，README以及一个文件夹Bio（主要存放需要的模块），可以直接使用pfam_scan.pl脚本即可运行（其需要调用hmmer的hmmscan），其参数如下：
  

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