玩转基因组浏览器之使用IGV查看基因结构信息

”生信修炼手册”!

基因结构是最基本的基因组注释信息，通常情况下，我们最关心基因区域内的数据分布情况，有多种文件格式可以存储基因结构信息

1. GFF

2. GTF

3. BED

用固定格式来存储对应的信息，使得生物信息软件可以更加标准化其输入输出，为数据分析带来便利。但是存储在文件中的信息对于我们而言，并不够直观。为了更加直观的查看基因结构，可以使用IGV浏览器，只需要将对应格式的文件导入软件中即可。

基因结构信息的本质是染色体坐标，IGV要求导入的数据必须是排序之后的结果。以GTF文件为例，可以采用如下命令先进行排序

排序之后还需要对文件建立索引，这样检索的速度会更快，用igvtools可以建立索引，命令如下

运行完成后，会生成一个后缀为的文件，将排序后的gtf文件和其索引放在同一个目录下，然后导入gtf文件即可。导入成功之后,  可以看到如下所示的结果

2. Squished

结果示意如下

其中矩形表示exon区域 ，线条表示基因的正负链信息，向右的箭头表示正链，向左的箭头表示负链。有时会看到类似下图的转录本结构

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