作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search database，一个综合性的生命科学资源 站）。那么作为一个生命科学中的一员，如果你们没用过NCBI 站，这就好像是在说“知 是啥”。希望提到这个 站的事情，你的表情不会是下面这个样子，哈哈哈。。。

不管你是否了解NCBI 站，这都不重要，重要的是如果哪一天你需要用到了（比如要从NCBI上面下载个原始数据，这个需求比较合理吧！），你会不会呢然不会也没有关系了，因为这篇就是教你如何下载数据的！哈哈。。。

下面言归正传，来说一说NCBI下载数据的几种方式：

1. NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载
2. wget, curl 命令直接下载
3. aspera 工具下载
4. grabseqs 工具下载

1、SRA Toolkit 下载数据

第一种方法就是使用NCBI官方提供的软件来下来，这个也是相当的方便可行，只要到官 下载SRA Toolkit软件(该软件是二进制的格式，如下截图，选中对应本版下载到本地解压就可以使用，相当方便)，然后就可以下载数据了。

软件准备好了，下面就可以下载数据了：

那么如果想批量下载一个项目的很多数据呢先得找到数据的SRR ，随便选中一个SRR 在“SRA”数据库中搜索，会得到如下截图：

然后点击“All runs”，会得到如下截图:

接着选中你想下载的数据，点击”Accession list”，会下载一个包含选中数据SRR 的文件（SRR_Acc_List.txt），如下所示：

最后就可以批量下载了：

2、wget, curl 下载数据

第二种下载方式，wget, curl 命令直接下载。用这种方式下载数据需要知道数据的下载链接，如何获取数据链接呢取数据链接也有两种方式，一是通过NCBI 页，二是通过SRA toolkit。
先说通过 页如何获取，当我们在“SRA”数据库中搜索SRR后，点击下面表格中的SRR 如“SRR1482463”，会跳转到页面如下：

切换到‘Data access’界面，就找到数据链接了，如下截图：

通过SRA toolkit获得数据链接就更省事了，到SRA toolkit软件的bin目录下找到srapath软件，一行命令就可以了：

找到链接就可以用wget来下载数据了：

3、aspera下载数据

第三种下载方式，就是使用aspera软件来下载数据：

4、grabseqs下载数据

第四种下载方式是使用grabseqs软件来下载数据，该软件是比较新的软件，可以将下载的sra数据直接转换为fastq文件，相比于上面三种省略了sra -> fastq的转换步骤，可谓是一步到位。因为该软件会调用fastq-dump直接将sra拆分成fastq，所以你得提前安装好fastq-dump。该软件是基于python3，可使用pip安装相当方便。安装和使用方法如下：

sra转化为fastq

当我们拿到了sra数据并不能直接使用，需要将其转为fastq文件。数据都拿到了，转化格式当然是很简单的事了，就是跑一行命令的事情。使用SRA Toolskit中的fastq-dump软件即可。值得注意地是如果数据是pair-end的格式最好加参数–split-3，这样对于一方有而另一方没有的reads就会单独放在一个文件里。

四种方式你学会了，其实方式不重要，选择一个适合自己的方式即可，重要是能够获取到自己想要的数据，毕竟科研的本质是要数据来支持自己的研究。

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