用在线RaxML构建系统发育树

前面有期内容给大家分享了一文读懂进化树，但如何构建一个专业且美观的进化树呢信有很多读者都会用MEGA软件进行系统发育树的构建，Mega是一款简单易用的系统发育分析软件，也被国内外期刊引用很多次，得到了大家的认可，但是有没有更为专业的系统发育树构建软件呢天将给大家介绍一种更为专业的建树方法用RaxML构建系统发育树。RAxML 是德国慕尼黑大学Dr. Stamatak 开发的一个系统发育树构建软件，它采用的是最大似然法进行系统发育树的构建，可以运行大规模的碱基序列的计算处理。
RAxML 有本地版本以及在线版本，本地版下载链接：https://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/index.html

测试数据及结果和相关处理软件已经上传至百度 盘：http://pan.baidu.com/s/1i5cPyXB 密码：b23t

构建进化树的方法常见有：

Distance methods (距离法)

• UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic means)

• Fitch-Margoliash

• Neighbor-joining

Discrete character methods (独立元素法)

• Parsimony

• Maximum likelihood

1. 上传fasta序列文件到文本框中（All_Lentitheciaceae_LSU_sequence.fasta）

2. UPPERCASE / lowercase: 选择 Same as input

3. Direction of nucleotide sequences: Help  选择  Adjust direction according to the first sequence (accurate enough for most cases)

4. Output order: 选择 Same as input

5. 添写接收结果的邮箱，最后点击Submit

用Mesquite格式转换

• 上传上一步得到的PHYLIP format文件（All_ALIGNED.phy）

• 选择建树模型：(如果前期得到了用Jmodeltest的树的模型可以在下列选项中选择一个模型），如果前期没有筛选模型选择GTR; Number of random starting tree: SPR

• Tree Searching： 如果没有给定的树选择：BIONJ，no

• Branch Support： Fast likelihood-based method：no Perform bootstrap：1000， yes

• 然后输入你任务的名字以及接收结果的email地址。

最后你就能把你的结果打包下载啦，这其中最有用的文件就是RAxML_bestTree.All_ALIGNED_result，这个树文件啦~

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